我国传统农村合作医疗制度在维护农民的健康、满足农民的医疗基本需求、减轻农民的医疗负担发挥了重要的作用。县乡村三级医疗卫生服务网络、合作医疗制度、乡村医生队伍这三大法宝是我国在资源短缺的情况下成功的解决农村医疗卫生问题并作为成功典范在全世界范围内推广。但随着全国范围的经济体制改革和合作医疗制度本身存在的问题,传统合作医疗迅速解体,农民重新面临“因病致贫,因病返贫”的问题。面对日益严重的农民医疗卫生问题,2003年我国实行了新型农村合作医疗制度,经过7年多的运行,农民对新型农村合作医疗制度总体较为满意,新型农村合作医疗制度框架和运行机制基本建立,农村医疗服务利用率得到提高,农民疾病经济负担得到减轻,“因病致贫、因病返贫”的状况得到缓解,基层医疗机构得到发展。但是,新型农村合作医疗制度运行过程中还是存在些问题,其中主要有农民参合存在逆向选择和自愿参合的积极性不高、筹资机制不稳定、补偿水平不高、基金监管不严、农村医疗服务能力差等,这些问题的存在影响制度的实施效果和可持续发展。如何正确认识并有效地解决所出现的问题,对我国实现城乡社会统筹发展和社会主义新农村建设都具有重要意义。本文首先对国内外有关研究文献进行了综述,介绍了与新型农村合作医疗密切相关的理论,为后文的写作奠定了理论基础。其次全面回顾了我国传统农村合作医疗制度的发展历程,概述了合作医疗制度所经历的四个发展阶段并总结了各个阶段所取得的成效和存在的问题,阐述了新型农村合作医疗制度兴起的原因和发展过程。利用图表和统计数据分析了新型农村合作医疗近年来的运行状况和取得的成效,总结新型农村合作医疗制度运行过程中所出现的问题。然后以江阴市的新型农村合作医疗为例,对江阴市新型农村合作医疗确立的“征、监、管”相分离的运行机制,特别是商业保险公司参与新型农村合作医疗基金管理的模式,即“江阴模式”进行了阐述,分析了其运行中存在的一些问题。最后本文根据上述对我国新型农村合作医疗制度目前运行中所暴露出的问题,提出相关对策和建议来完善我国新型农村合作医疗制度。