村民自治是我国宪法所确立的基层民主自治制度,是上世纪八十年代农村改革特别是九十年代以来我国在农村进行的一项史无前例的民主实践,更是二十一世纪建设社会主义新农村地方政治民主的根本要求。体现了乡土社会国家与社会逐步分离,乡土社会独立性、自主性,为宪政建立提供了现实的社会基础,我国村民自治制度的实行有其深刻的宪政理论基础和宪政价值。中国村民自治历经二十多年风风雨雨,起伏跌宕,村民自治走到今日确属不易,然时至今日,村民自治依然面临着艰难的发展局面,村民自治权频遭侵扰。自治体内部,村民自治组织功能错位和功能缺失严重,村民自治组织功能定位不清,导致村民利益得不到表达,经济要求得不到满足。自治体外部,各级行政权力对村民自治体发展进行不适当的制约甚至破坏,“两委”关系不协调、角色错位权责分离。面对村民自治权实现过程中遭到的侵害,我国现行的法律保障机制不足。以上诸多问题阻滞着村民自治的运行和发展。本文将从现实的村民自治权运行机制的运作状况出发,将村民自治权运行机制具体细分为内在运行机制和外在运行机制两个小的体系。针对存在的具体缺陷分析其成因,加以剖析。在国家的现实与发展的大背景下,对村民自治权运行机制进行重构,提出新的村民自治权运行组织架构。通过借鉴现代公司的“三会制”力争达到自治权内在运行机制中各部分的“分权制衡”。通过明确界定党、行政权力的权力形式、职责范围,力争妥善处理村民自治与党的领导,行政权力的关系问题。此外,在上述研究基础上分析了现行村民自治权法律保障机制的缺失,通过对其加以完善,力争使其发挥对村民自治权运行机制保驾护航的作用。以完善村民自治权运行机制作为实现“还权于民”,解决现行村民自治制度所存在问题的重要进路。