群落系统发育研究将系统发育信息融入到群落研究中，能更好地揭示物种分布及组合背后的进化、生态和生物地理过程。云南是中国植物物种多样性最高、植物区系最复杂的地区，有着极高的保护价值。本研究试图探索云南植物系统发育多样性及群落系统发育结构格局，揭示对其影响重大的环境因子，来达到深入理解云南植物区系，从而更有效地采取保护措施的目的。　　本研究利用从植物标本数据和物种分布模型产生的覆盖云南省的4936个10×10km栅格内的木本被子植物组成为原始数据，利用系统发育重建软件PHYLOMATIC得到基于APGⅡ的此1898种植物的系统发育树。计算了各栅格的系统发育多样性指数Faiths PD、系统发育结构指数NRI和NTI以及系统发育beta多样性指数MPD和MNTD。结果表明，PD与物种丰富度相关性很强，表现出相似的分布格局，云南西北部、南部及东南部为两者的热点地区。但去除物种数差异后的标准化PD显示出与物种丰富度相异的格局:云南西北部物种丰富度高而PD低，云南西南部物种丰富度相对较低而PD高。这种不一致可能源于两地区不同的植物区系及生物地理历史的结果。云南西南部属古热带植物区系，植被组成的主要成分为热带植物，因此PD高。而云南西北部属东亚植物区系，并且由于最近几百万年环境剧变引起的快速物种形成，出现了大量特有种，导致较低的PD。同时，群落系统发育结构表现出一定的纬度梯度，由云南南部的分散结构过渡到到北部的聚集结构。　　用空间自相关模型对环境因子进行筛选的结果表明，环境变量能很好地解释PD、物种丰富度、标准化PD及NRI的分布格局，其中气候因子又较土壤因子更为重要，而温度季节性、年降水、月均温范围、降水季节性最为关键。　　综上，本研究认为生物地理历史和环境因素共同决定了云南木本被子植物系统发育多样性及结构的格局。