目的:　　本研究利用基于RNA-seq的二代测序技术检测分析人巨细胞病毒(humancytomegalovirus，HCMV)潜伏感染的人白血病单核细胞(THP-1)转录组中mRNA和长链非编码RNA(long non-coding RNA，lncRNA)的表达，并构建编码-非编码基因的调控网络模型，为进一步研究mRNA和lncRNA在HCMV潜伏感染中的作用提供实验依据。　　方法:　　1.分别提取HCMV潜伏感染THP-1细胞组和THP-1细胞对照组的总RNA，经RNA质量检测合格后建立cDNA文库，用Illumina HiSeqTM2000测序仪双端测序（Pair-end sequencing，PE）得到原始序列数据。将2个转录组测序样本，用TopHat回贴人类参考基因组(hg19[UCSC:http://genome.ucsc.edu])，运用Cuffiinks构建转录本。运用Blast与Refseq、NONCODE等数据库进行比对，识别出已知的mRNA和lncRNA。经鉴定的所有转录本通过CNCI(CodingNoncoding Index)进行编码能力分析，筛选出新的长链非编码RNA。　　2.运用RPKM(reads per kilo bases per million reads)法分别计算mRNA和lncRNA的表达量，筛选出两样本中有差异表达的mRNA和lncRNA。　　3.利用人类基因的GO(Gene Ontology)功能注释，对差异表达的mRNA进行GO功能显著性富集分析。　　4.基于最新的KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库，对差异表达的mRNA进行生物学途径分析(Pathway analysis)。　　5.构建出编码-非编码基因共表达网络模型(coding-non-coding geneco-expression network)，预测lncRNA与mRNA之间的相互关联作用，初步预测lncRNA功能。　　6.运用qRT-PCR技术验证RNA-seq所得部分差异表达的mRNA和lncRNA，验证测序结果的可信性。　　结果:　　1.经RNA-seq测序分析，HCMV潜伏感染组和对照组中分别获得83921512条和85087112条reads，构建出180616条转录本，包括12952条的蛋白编码基因和1354条非编码基因，得到2107条可信的新的lncRNA。　　2.本实验共筛选出差异表达的mRNA2153条，其中1099条上调，1054条下调;差异表达已知的lncRNA共626条，298条上调，328条下调;差异表达新的lncRNA共969条，其中470条上调，499条下调。　　3.通过GO分析提示，在生物学进程(ontology: biological process)中:细胞凋亡、细胞周期、细胞增殖、DNA组装以及炎症反应等过程存在差异;细胞组件(ontology:cellular component)中:细胞质、细胞核、蛋白质-DNA复合体、细胞器以及细胞膜等方面存在差异;分子功能(ontology: molecular function)中:蛋白结合、转录抑制活性、以及肽酶激活剂活性等方面有所不同。　　4.KEGG pathway分析提示有15条信号通路显著富集，主要为MAPK、凋亡、p53等信号通路。　　5.得到了一个以lncRNA MIR181A1HG为中心，69个mRNA，4个noncodingRNA相关联的共表达子网络，初步预测其功能与细胞分化有关。　　6.经qRT-PCR验证的7条mRNA和7条lncRNA趋势与RNA-seq结果吻合。　　结论:　　本研究通过RNA-seq技术得到新的lncRNA2107条，差异表达的mRNA2153条，lncRNA1595条;差异表达的mRNA在生物学进程方面主要和细胞凋亡、细胞周期和炎症反应等有关，大部分参与MAPK、凋亡、p53等信号通路;测序结果提示HCMV感染可能通过抑制宿主细胞凋亡、消弱宿主免疫反应、抑制宿主细胞周期来维持HCMV长期潜伏感染的状态;初步预测了一条lncRNAMIR181A1HG的功能可能与细胞分化有关。