在信息时代的今天，随着通信技术和网络技术的高速发展和广泛应用，越来越多的信息在网络上传输，信息的安全与保护问题显得愈发重要，使得密码学理论与技术成为信息科学与技术中的一个重要研究领域。近年来，许多研究者发现，混沌和密码学之间有着内在的密切联系。混沌系统对初始条件极端敏感，能够产生大量的具有类随机性、相关性、复杂性和较宽频谱等优良密码学性能的序列，为数据加密提供了一种新的有效的手段。本文将混沌理论和密码学结合在一起，提出了超混沌序列加密算法。 本文系统介绍了混沌密码学的一些预备知识、现代密码学基本原理和混沌理论，选用Logistic映射耦合生成的二维超混沌系统作为研究对象，研究了二维超混沌序列密钥流的生成，然后以初始值和系统参数等作为密钥，提出了一种基于二维超混沌序列的交替加密算法，并对该算法进行程序设计和详细的性能分析。 根据相空间重构思想证明利用局部连续信息可构造出低维混沌动学系统的控制轨道函数，从而预测出混沌序列，使得加密失效。因此本文采用超混沌系统，超混沌系统对参数和初始状态变化的敏感性高，相空间复杂，算法的安全性好。仿真结果表明采用二维超混混沌序列交替加解密算法，密文空间大，密文均匀分布，克服了低维混沌动力学系统易于攻击的缺陷，能够抵抗选择明文攻击。本系统中的超混沌加密算法速度快，安全性好，很适合于实时网络传输文件的加密。