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目的:回顾性研究三种提取人全血基因组DNA方法(DNA提取试剂盒标准方法、酚-氯仿抽提法和Miller盐析法)可否用于检测基因多态性,同时比较三种方法提取DNA的总量、纯度、提取效率和实验费用的差异;方法:分别用DNA提取试剂盒标准方法(n=42)、酚-氯仿抽提法(n=11)和Miller盐析法(n=14)从300μl外周静脉血提取人全血基因组DNA ;比色法测定所获DNA的总量和纯度;记录每种方法所耗时间,计算提取效率;以提取的DNA为模板,做PCR预试验;结果:DNA提取试剂盒标准方法、酚-氯仿抽提法和Miller盐析法从300μl外周静脉血中提取的人全血基因组DNA均可用于检测基因多态性;三种方法提取的DNA总量分别为5.1±0.9μg、6.8±1.6μg和2.3μg(Median,中位数);DNA提取试剂盒标准方法和酚-氯仿抽提法提取的DNA总量明显高于Miller盐析法,差异有统计学意义(DNA提取试剂盒标准方法与酚-氯仿抽提法,P﹥0.5;DNA提取试剂盒标准方法与Miller盐析法比较,P﹤0.01;酚-氯仿抽提法与Miller盐析法比较,P﹤0.01;)。三种方法提取的DNA纯度分别为1.68±0.25、1.54±0.38和1.63±0.19,组间差异无统计学意义(两两比较,P值均﹥0.5)。DNA提取试剂盒标准方法提取DNA时间明显短于其他二种方法(与其他二种方法比较,P值均﹤0.01,差异有统计学意义),而实验费用明显增多(与其他二种方法比较,P值均﹤0.01,差异有统计学意义)。结论:三种方法提取的DNA纯度相似,均可用于检测基因多态性;其中DNA提取试剂盒标准方法操作较简单、提取效率高,但费用较高;酚-氯仿抽提法提取的DNA总量较Miller盐析法多。应根据实验经费额度和实验进度要求选用合适的方法。目的回顾性研究CDH1基因启动子近侧序列-160位点C/A SNP (rs16260)与膀胱移行细胞癌(Transitional Cell Carcinoma of Bladder, TCCB)的发生、临床分期和病理分级之间的关系。方法实验组膀胱移行细胞癌50例,为同济医院泌尿外科收治的住院患者;对照组50例,为同期收治的非肿瘤患者,包括泌尿系结石、损伤、非特异性感染、前列腺增生症和鞘膜积液等。采用聚合酶链反应-限制性内切酶片段长度多态性分析技术(Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism, PCR-RFLP)分析每例样本CDH1基因启动子近侧序列-160处C/A SNP。1.采集患者外周静脉血样本,标准方法从血液中提取人基因组DNA。2. PCR获取包含CDH1基因启动子近侧序列-160位点的DNA片段。3.分别用限制性内切酶HphI和AflIII将PCR所得DNA片段酶切,酶切产物4%琼脂糖凝胶电泳,不同的电泳结果分别对应CDH1基因启动子近侧序列-160位点不同的基因型。结果肿瘤组CDH1基因启动子近侧序列-160处A等位基因频率高于对照组(P<0.01);肿瘤组中浸润性膀胱移性细胞癌A等位基因频率高于浅表性膀胱移性细胞癌(P<0.05);而病理分级不同的膀胱移性细胞癌样本间A等位基因频率差异无显著性意义(P>0.05)。与仅携带C等位基因者相比,A等位基因携带者患TCCB的危险较高(OR=4.16, 95% CI1.74–9.93);与基因型为CC者相比,AC(OR =3.48, 95% CI 1.26–9.63)和AA (OR=4.91, 95% CI 1.79–13.45)基因型患TCCB的危险较高。结论上皮钙粘连素基因启动子近侧序列-160处A等位基因频率与膀胱移行细胞癌的发生及其侵袭能力密切相关。该SNP可能成为判断膀胱移性细胞癌预后的指标。目的:回顾性研究CDH1基因Intron 1 +234位点插入/缺失多态性(rs3833051)TCCB患病风险间的关系;方法:实验组膀胱移行细胞癌130例,为同济医院泌尿外科收治的经病理检查确诊断TCCB患者;对照组60例,为包括健康志愿者和同期收治的非肿瘤患者。基因测序确定每例样本CDH1基因Intron1 +234位点插入/缺失基因型。1.采集患者外周静脉血样本,标准方法从血液中提取人基因组DNA;2. PCR获取包含CDH1基因-160位点和Intron1 +234位点的DNA片段;3.基因测序确定每例样本CDH1基因-160位点SNP基因型和Intron1 +234位点插入/缺失基因型;4. SPSS软件计算CDH1基因Intron1 +234位点插入/缺失基因型与TCCB发病率、临床分期和病理分级之间的统计学关联;5. PHASE软件筛选CDH1基因-160-+234单体型并进行连锁不平衡分析;进行不同的单体型和TCCB发病率、临床分期和病理分级之间的遗传学关联分析。结果:CDH1基因-160位点基因型和TCCB表型的关系与实验结果一致;基因测序结果显示Intron1 +234位点插入片断碱基序列为5’-CCGTGCCCCAGCC-3’,其插入/缺失多态性基因型分为插入插入纯合子(I/I)、缺失缺失纯合子(D/D)和插入重复插入杂合子(I/2I)三种;肿瘤组CDH1基因Intron1 +234位点重复插入片段(2I)频率高于对照组(P<0.05);肿瘤组中浸润性和浅表性膀胱移性细胞癌组间重复插入片段(2I)频率差异无统计学意义(P>0.05);病理分级不同的膀胱移性细胞癌样本间重复插入片段(2I)频率差异无统计学意义(P>0.05)。与I/I基因型相比,I/2I基因型患TCCB的危险较高(OR=2.22, 95% CI1.17–4.21)。PHASE软件筛选单体型分布结果显示:肿瘤组中-160A/A-+234I/2I基因型频率明显高于对照组,差异有统计学意义(χ2 = 6.50, P<0.05);-160C/C-+234I/I基因型频率明显低于对照组,差异有统计学意义(χ2 = 7.09, P<0.01);-160A/C-+234I/I基因型频率明显低于对照组,差异有统计学意义(χ2 = 5.26, P<0.05);与-160C/C-+234I/I基因型相比,-160A/A-+234I/2I基因型携带者患TCCB风险较高(OR=6.61,95%CI=1.93～22.64);而与-160A/C-+234I/I基因型相比,-160A/A-+234I/2I基因型携带者患TCCB风险并不升高(OR=1.31,95%CI=1.93～3.99)。结论CDH1基因-160位点A等位基因频率与TCCB的发生及其侵袭能力密切相关;CDH1基因Intron1 +234位点重复插入片段(2I)频率与TCCB的发病率密切相关;-160A/A-+234I/2I基因型携带者患TCCB风险较高,而-160C/C-+234I/I基因型携带者患TCCB风险较低。