论文部分内容阅读
隶属于鲇形目(Siluriformes)、鮡科(Sisoridae)、原鮡属(Glyptosternum)的黑斑原鮡(Glyptosternum maculatum),在我国主要分布于西藏的雅鲁藏布江流域,在印度主要分布于Indus河流域。本研究以我国原鮡属黑斑原鮡不同地理种群为研究对象,基于线粒体基因中的DNA控制区(Dloop)序列和细胞色素b(Cyt b)基因序列,探讨了雅鲁藏布江流域中不同水域黑斑原鮡种群间的遗传组成和遗传多样性,旨在了解黑斑原鮡的遗传结构,为其种质资源保护措施的制定与实施提供生物学依据,并为其他高原鱼类的研究及保护提供一定的参考价值。论文主要研究结果如下:(1)利用线粒体D-loop序列与Cyt b序列对黑斑原鮡种群的碱基组成进行分析,研究雅鲁藏布江流域不同黑斑原鮡地理种群的遗传组成。结果显示,经过序列分析和多重比对后获得长为551 bp的D-Loop序列和长为1081 bp的Cyt b序列;D-loop序列中T、C、A、G的平均含量分别是:30.8%、19.6%、35.3%、14.3%,其中碱基A的含量最高,碱基G的含量最低,而碱基G和碱基C的总含量为(33.9%)明显低于碱基A和碱基T的总含量(66.1%);Cyt b序列中T、C、A、G的平均含量分别是:27.2%、23.9%、23.9%、25.0%,其中碱基T在所有碱基中的含量最高,碱基C和A在所有碱基中的含量最低,碱基G和碱基C的总含量(48.9%)低于碱基A和碱基T的总含量(51.1%)。与D-loop序列的结果类似,Cyt b序列也呈现出碱基偏倚现象,这反映了黑斑原鮡线粒体基因序列碱基组成的特征。(2)利用线粒体D-loop序列与Cyt b序列对黑斑原鮡种群的序列变异和碱基替换进行分析,研究不同地区黑斑原鮡的遗传变异情况。结果表明,基于线粒体DNA控制区标记分析黑斑原鮡序列,共有7个位点发生变异,平均转换与颠换的比值R为6,转换主要发生在G-A之间,颠换发生在T-A之间;基于Cyt b基因分析黑斑原鮡序列,共有25个位点发生变异,平均转换与颠换的比值R为2.125,转换主要发生在C-T之间,颠换主要发生在A-C之间,该基因中序列变异集中于密码子第三位。(3)利用线粒体D-loop序列与Cyt b序列对不同黑斑原鮡种群间的遗传多态性和遗传距离进行分析。遗传多样性分析结果表明,线粒体DNA控制区共检测出10种单倍型,平均单倍型多态性(Hd)和平均核苷酸多样性(Pi)分别为0.678和0.0016;Cyt b基因序列共检测出25种单倍型,单倍型多态性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.713和0.0010。对不同黑斑原鮡种群线粒体序列进行分子方差分析(AMOVA)。结果表明,基于D-loop序列的遗传变异主要发生在地理种群内为88.4%,而种群间为11.6%。基于Cyt b序列的遗传变异主要发生在不同地理种群内为87.0%,而种群间遗传变异为13.0%。遗传距离分析结果表明,不同地理种群的黑斑原鮡D-loop序列的种群间遗传距离较为明显,而种群内差异较小。其中,SG种群与XTM种群之间的遗传距离最大,QS种群与LS种群之间的遗传距离最小。不同地理种群的黑斑原鮡Cyt b序列与D-loop序列遗传距离分析结果类似,种群间遗传距离差异较明显,种群内差异较小。其中,LS种群与BSC种群之间的遗传距离最大,QS种群与LZ种群之间的遗传距离最小。(4)以不同黑斑原鮡种群的D-loop序列与Cyt b序列的单倍型分别构建NJ聚类树。两种NJ聚类树的结果均显示,不同单倍型间的分化程度较低,所有黑斑原鮡的单倍型均聚为一支,不同地理种群单倍型相互交叉,无法对其进行有效区分,单倍型聚类与不同种群地理分布间没有明显对应关系。