遗传研究对于柑橘的遗传育种具有重要的指导意义。细胞遗传学图谱和遗传连锁图谱是遗传研究的重要工具。在构建柑橘遗传图谱时，发现了与组装染色体存在位置差异的几个异常染色体区域，它们主要由低拷贝序列组成，其中一个异常区域总长度达到 1 Mb 以上，该异常区域位于组装的克里迈丁基因组的第 9 号scaffold上，而在遗传图谱中则被定位到了相对于克里迈丁基因组序列的第8号连锁群上。该异常区域的出现是研究材料的差异，还是测序组装错误，或是其它原因，有进一步研究的价值。而染色体荧光原位杂交（FISH）技术是进行DNA序列准确物理定位和检测染色体变异的重要手段之一，为异常区域的研究提供了比较有效的工具。　　FISH所采用的探针序列的拷贝数会影响探针标记效率和杂交检出率。目前多拷贝序列的检测技术较为成熟，尤其以rDNA序列为探针的FISH已经广泛用于不同物种的染色体识别和染色体比较分析，而单拷贝或低拷贝序列的FISH，还存在着检出率低和重复性差等问题，在柑橘研究中鲜有报道。因此本研究以与作图群体母本遗传背景一致、具有无融合生殖特性和种子比较容易获得的甜橙为试材，首先，运用45S rDNA为探针的FISH技术开展了不同甜橙品种该位点的定位和变异分析，然后以已知位置的柑橘单拷贝序列为探针进行FISH定位技术探索，最后再以遗传作图中发现的跨染色体异常区域中的片段为探针，对其在甜橙染色体上的分布位置进行了探讨。主要研究结果如下：　　1、优化了甜橙的45S rDNA序列FISH定位体系，并将其应用到熟期差异较大的5个甜橙品种上，获得了准确的FISH定位信号并分析了甜橙脆性位点。结果显示，不同成熟期的甜橙的45S rDNA位点数目均为3个，其中2个45S rDNA位点分布在染色体次缢痕处，这两个区域也是柑橘的脆性位点区域，这两个位点的杂交信号所跨区域大小不稳定；另外1个45S rDNA位点位于染色体着丝粒近短臂处，该处无脆性位点，其杂交信号所跨区域大小相对稳定。　　2、根据甜橙45S rDNA序列FISH定位体系建立并优化了单拷贝或低拷贝序列的柑橘FISH技术。以在基因组中常以单拷贝形式存在的drf基因序列为起点，向上游144 kb的范围内，在克里迈丁基因组数据库里寻找单拷贝基因，然后将这些基因序列输入到Orange Genome Annotation Project网站进行甜橙染色体定位，挑选出定位在测序甜橙3号染色体上的单拷贝基因。针对这些单拷贝基因设计引物，扩增并纯化后获得相应片段，采取缺口平移法对单个片段进行单独标记和多个片段混合标记得到探针，进行染色体原位杂交检测。单独标记的探针总长度在2 kb-10 kb之间时，在FISH定位结果中未观察到杂交信号。当多个片段混合后再标记的探针总长度约为23 kb时，在FISH定位结果中观察到了两个杂交信号，其中一个信号在染色体的随体位置，该区域同时也是45S rDNA位点所在区域。另一信号在染色体短臂中部位置。但不是所有染色体分裂相上都能观察到杂交信号。　　3、运用优化的单拷贝或低拷贝 FISH 技术对柑橘序列组装与遗传作图中发现的异常片段在甜橙中的真实位置进行了探讨。根据异常区域中一个保守直序同源序列（COS 9-21）上游402 kb至下游507 kb范围内的序列设计引物并运用PCR法进行荧光标记，然后将不同总长度的探针杂交到甜橙的中期染色体上，结果发现探针总长度和序列间隔长短是影响信号检出率的关键因素。当探针总长度约为23 kb或更长，序列间隔在8 kb-56 kb之间时，检测到了杂交信号，这些荧光信号分布在多条染色体上，分布区域主要在部分染色体的中间位置，少数在染色体端部。该结果表明该异常区域中的部分片段可能存在着跨多个不同染色体分布的现象，可能会影响到测序组装或者遗传图谱的构建。