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目的肺腺癌是恶性程度最高的肿瘤之一,淋巴结转移是其最主要的转移途径之一。一部分患者在肿瘤体积较小时即出现淋巴结转移,蛋白质是生命功能的执行者,了解这部分患者淋巴结转移相关蛋白具有重要的临床价值。本研究通过基于质谱的蛋白组学及磷酸化修饰组学,探索肺腺癌淋巴结转移关键蛋白和通路,并尝试建立蛋白亚组。方法本研究入组52例肺腺癌患者并收集临床资料,其中实验组(淋巴结转移性肺腺癌,病理分期T1b N2M0)病例25例,对照组(无淋巴结转移性肺腺癌病理分期T3-4N0M0)病例27例。利用52例患者的冰冻肿瘤样本和正常肺组织样本,通过基于质谱的4D-LFQ定量蛋白质组学技术鉴定蛋白并进行定量,由于样本量限制,42例患者进行了蛋白磷酸化修饰组学检测。本研究以差异表达量变化≥2作为显著上调的阈值,≤1/2作为显著下调的变化阈值,分别筛选肿瘤样本对比正常样本、实验组肿瘤样本对比正常组肿瘤样本的差异表达蛋白及磷酸化修饰位点,并对差异蛋白进行亚细胞定位、结构域分析、GO功能注释和KEGG通路富集分析。通过蛋白互作网络筛选关键蛋白,并对患者进行蛋白亚组分组和预后分析。结果实验组患者EGFR基因突变频率更高,而对照组患者吸烟频率更高,两组的DFS和OS无显著差别(P>0.05)。蛋白定量分析中,在肿瘤对比正常组织有740个上调蛋白和382个下调蛋白,实验组肿瘤样本对比对照组有89个上调蛋白和155个下调蛋白。GO功能注释和KEGG通路富集显示出肿瘤组织的高代谢特征,其中多种氨基酸代谢尤为明显。在淋巴结转移上,细胞外基质、粘附斑通路和PI3K-Akt通路可能发挥重要作用。淋巴结转移相关核心蛋白主要为胶原蛋白、层粘连蛋白和其他参与外基质纤维的合成、组装的相关蛋白。蛋白亚组分组将患者分为3组,与预后有更好的关联性,虽然统计学差异不显著(P=0.088)。磷酸化修饰组学进一步验证了蛋白组学的结果,实验组高表达修饰蛋白主要为粘附斑通路、蛋白多糖通路等。结论本研究通过蛋白组学及磷酸化修饰组学,发现多个与肺腺癌形成、淋巴结转移相关的通路及蛋白,为未来肿瘤的治疗提供了可研究的目标。蛋白亚组是对临床表型的有利补充,是潜在的预后因素,可为个体化治疗提供治疗策略。