水生动物的体色变化是一种令人着迷的生物学现象。仿刺参（Apostichopus japonicus Selenka），作为一种具有巨大经济价值的海洋棘皮动物，也存在着体色变化的现象。不同体色的仿刺参不仅影响它们的口味，还影响它们的市场价格。在我国海区常见的仿刺参体色是青色，而全白仿刺参在自然海区较为少见，但在养殖场中则是一种相对常见的体色变种。所以，全白仿刺参被视为“珍品”海参，具有巨大的经济开发前景。为了进一步研究全白仿刺参的白化机理、培育具有优良生产性状的仿刺参品系，本文以人工养殖的全白仿刺参与青仿刺参为实验材料，运用相对与绝对同位素同重标记定量技术（Isobaric Tags for Relative and Absolute Quantitation，iTRAQ）结合液相色谱—串联质谱联用技术，我们分析了全白仿刺参与对照组青仿刺参的肠道、体壁中蛋白质表达情况。利用实时荧光定量PCR技术对实验所得到的部分差异蛋白质进行了其对应的mRNA的表达水平分析。从蛋白质组学层面上探讨了全白仿刺参与常见的青仿刺参之间的蛋白质表达差异，为仿刺参遗传育种奠定基础。　　本研究主要内容包括：⑴鉴定到549个蛋白质，这些蛋白质在两种体色的仿刺参肠道、体壁组织中均有表达。搜索COG数据库，对上述蛋白质进行功能注释，结果485个蛋白质具有明确的功能注释。⑵与青仿刺参相比，全白仿刺参共有28种蛋白质表现为差异表达，其中肠道中12种，上调/下调蛋白数均为6；体壁中有16种差异表达蛋白，上调和下调差异蛋白数量均为8。表达量变化最显著的差异蛋白质有：组蛋白酶 L-相关蛋白（Cathepsin L-associated protein）,热应激蛋白90（HSP90）,黑素转铁蛋白（melanotransferrin）,补体蛋白 C3-2（complement componentC3-2）,热应激蛋白 gp96（HSP gp96）,调钙素（calmondulm）和补体蛋白C3（complement component C3）。GO功能分析显示：在肠道中有67％的蛋白集中在分子功能（molecular function）上，而在体壁中则为52%。⑶对差异蛋白质进行 KEGG分析发现：肠道组和体壁组各有1种蛋白质可以找到代谢路径，即Ca2+转运ATP酶（Ca2+transporting ATPase）和40S核糖体蛋白S3e-样蛋白（40S ribosomal protein S3e-like）；前者可能参与钙离子信号传递功能或分泌功能，后者可能参与蛋白质的合成。⑷利用STRING数据库对全白仿刺参差异表达蛋白质进行了蛋白-蛋白之间的作用网络分析，体壁中的翻译延长因子(translation elongation factor)、40s核糖体蛋白 S3（40S ribosomal protein S3-like）、60s核糖体蛋白L32e（60S ribosomal protein L32e）之间相互作用关系，参与细胞内蛋白质的生物合成，相互作用较强。另一是α-中心体肌动蛋白-样蛋白（alpha-centractin-like）、肌球蛋白重链（myosin heavy chain）等之间的相互作用，但是相互作用力较弱。⑸采用实时定量PCR技术，以18S RNA为内参，对白仿刺参的16个差异表达蛋白质进行了其对应的mRNA表达水平的相对定量分析，并与蛋白质自身的表达情况进行了比较，结果表明：16个 mRNA的表达量与其对照相比均呈显著差异。在所选的16个差异蛋白质中，12个差异蛋白质表达水平与其mRNA表达水平的变化趋势是相同的，即均是上调表达；只有4个蛋白质的表达水平的变化趋势与其mRNA的表达水平的变化趋势是不一致的，出现了差异。