文昌鱼(Amphioxus)属头索动物(Cephalochordata),代表着从无脊椎动物到脊椎动物进化过程中一个重要的过渡阶段。一方面,文昌鱼形体结构的基本特征与脊椎动物的祖先极为相似,使之成为研究脊椎动物形体模式发生机制进化的最佳模型。另一方面从比较基因组的角度看,文昌鱼与脊椎动物的祖先歧化后独立进化长达5.5亿年,其自身种系的进化史和特有的基因倍增、功能分化和基因丢失也不容忽视。近些年的研究表明,对脊椎动物和与它亲缘关系接近的类群之间进行比较基因组分析,发育调控基因的系统进化分析,以及比较发育生物学的研究,可以提供很多有关脊椎动物起源和进化的线索,进一步揭示进化过程中基因和发育调控是如何改变的。因此虽然文昌鱼不是脊椎动物的直接祖先,但是它是现存的与脊椎动物直接祖先最接近的无脊椎动物,是研究动物进化和动物胚胎发育的典型材料。本文主要报道了围绕两个文昌鱼中胚层发育相关基因AmphiMdp和brp—like进行的研究工作。