甜橙(Citrus sinensis)所在的柑橘属(Citrus L)共有几十个物种。随着甜橙基因组草图的完成,越来越多的柑橘属基因组序列被测定,如克里曼丁(C.clemetina)、蚝壳刺(Severinia buxifolia)、枸橼(C.medica)、宜昌橙(C.ichangenisis)、晚白柚(Citrus maxima)等。这些工作对于推进柑橘属基因组的比较基因组学、功能基因组学和进化基因组学研究有重要作用。通过比较基因组学分析,找到一些物种中的特异基因,将有助于理解柑橘属种间差异以及相关特异性状产生的方式;对柑橘属不同物种及其近缘物种间特异基因的进化和功能等研究,可为揭示柑橘属不同物种间表型和适应性差异的分子基础提供依据。在这个基础上,为了进一步从生物信息学的角度探索柑橘特异基因的物种特异性,本论文主要包括三个方面内容:柑橘特异蛋白编码基因的鉴定及特征分析;柑橘特异蛋白编码基因的起源研究;柑橘特异mi RNA的起源研究。主要结果如下:(1)柑橘特异蛋白编码基因的鉴定及特征分析。通过比较基因组学的分析方法,结合已经测序的41个植物物种基因组数据和已公布的EST数据库筛选出柑橘特异基因,在甜橙基因组中鉴定了296个保守柑橘特异基因(CCSG)和1039个甜橙特异蛋白编码基因(CSG)。相对于柑橘进化保守基因(CEC),它们具有基因序列短,外显子少,高GC含量,较少转录本支持,较少功能注释结果等特征。(2)柑橘特异蛋白编码基因的起源研究。新基因起源的分子机制主要有基因复制(GD)、外显子重排(EDS)、可移动元件(TE)等。参考这些机制,本文对柑橘特异基因的起源问题进行了初步探索。得到的102对大片段复制(LSG)中分别包含了45个CCSG和162个CSG,猜测其可能的起源方式是GD;得到71个CCSG和119个CSG显示其产生可能与TE相关;得到1个CCSG和8个CSG显示经历了EDS事件。(3)柑橘特异mi RNA的起源研究。根据甜橙全基因组mi RNA的鉴定结果及其相应物种特异的38个mi RNA家族,探索了其基因家族的扩张模式,其中13个基因家族显示有串联重复(TD)事件发生,10个基因家族显示有大片段复制(LSD)事件,为研究柑橘新起源的mi RNA基因家族的进化和功能提供参考。