作为宏观计量经济学的重要组成部分，协整理论并不是一个全新的课题，而其中关于时间序列的协整分析，更是已经形成比较完整的理论体系。但理论的完整并不一定意味着实际应用的完美无缺，由于真实数据生成过程未知，人们利用协整理论分析具体的经济问题时，又不得不面对很多现实挑战，协整分析方法的选择、理论模型的设定、长期经济关系的识别、有限样本推断等诸多实际问题的存在使得人们在实证研究中时常感到无所适从。除此之外，国内研究者还一直饱受数据问题的困扰，样本数据缺乏是一个无法改变的事实。不过，计量模型的建立是数据信息和经济信息相互融合的结果，较小的样本容量要求人们必须更加充分地利用相关的经济信息，以弥补数据信息的不足，同时尽可能选择合理的协整分析方法。而要实现这一目的，就必须对现有的协整分析方法进行比较全面和系统的了解，并结合实际研究的问题予以适当的调整。 论文以解决协整理论在实际应用中的具体问题为立足点，结合我国长期货币需求和经济波动的实证研究，对时间序列协整分析中的诸多问题进行深入和系统的研究。在研究方法上，论文着重利用统计和概率论的相关知识对参数估计量和检验统计量的渐近分布和一般特征进行分析，但某些情况下，也强调通过蒙特卡罗模拟手段研究一些重要的小样本性质。论文总体框架共计六章，具体可分为三个部分。 第一部分包括前三章内容，可视为后续分析的理论基础。第一章是引言部分，阐述论文的研究背景和意义、研究思路、研究方法及主要创新之处，并对现有文献进行必要的梳理。第二章主要研究协整的理论基础和单方程分析方法，着重在理论上对不同方法进行比较。第三章着重探讨Johansen协整系统分析在实际应用中常见的问题及解决办法，后续分析主要以此为基础进行展开，同时也对其他一些具有一定理论价值的系统分析方法进行简要介绍。 第二部分包括第四章和第五章，是论文的一个研究重点。第四章主要关注协整系统中的识别问题及其相关的协整空间约束检验问题，第五章包括两个应用研究：货币需求结构分析和经济波动分析，是对协整系统分析、长期参数识别、结构VECM估计以及共同趋势识别等相关理论的一个综合应用。 第三部分仅包括第六章的内容，是论文另一个研究重点。本章借助蒙特卡罗模拟的手段，对FMOLS和Johansen程序两种协整估计方法中自举法的有限样本表现进行全面的比较，认为自举法所能降低的是“拒真”错误出现的概率。在对协整理论进行系统阐述和深入研究的基础上，论文的主要工作集中于以下几个方面：首先考察协整关系误设对两种单方程协整检验的影响，推导出检验统计量的渐近分布，并对其有限样本表现进行模拟研究。其次，将协整理论应用于我国货币需求结构分析和经济波动分析的实证研究之中，其中一些研究结论具有较强的现实意义。最后，模拟研究自举法在Johansen程序和FMOLS估计中的有限样本表现，相关结论在我国长期货币需求收入弹性的自举分析得到全面地体现。 本论文为国家社会科学基金项目《非经典计量经济学理论方法研究》(课题批准号03BJY014)的部分研究成果。