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本课题组2009年从内蒙发病肉鸡群分离得到一株病毒,通过对分离株进行病毒形态观察、鸡胚致病性试验、血凝特性试验等生物特性鉴定及RT-PCR方法检测,鉴定为鸡传染性支气管炎病毒。本研究应用RT-PCR方法对ck/CH/LNM/091017分离株基因组全序列进行测定,并与27株参考毒株基因组序列进行分析和比较,同时构建系统进化树,以说明ck/CH/LNM/091017分离毒株与参考毒株之间的系统进化关系和分子遗传变异关系,并通过动物保护试验对本研究中的分离株进行免疫效力评价。从发病鸡群采集病变组织样品,经处理后接种9~11日龄SPF鸡胚,收集72小时内鸡胚尿囊液(弃去24h死胚)。传代后鸡胚出现侏儒胚、胚体弥漫性出血、羊膜增厚等病变特征。病毒尿囊液与1%鸡外周血红细胞不发生凝集反应,电镜下病毒粒子呈典型的冠状病毒特征,初步鉴定为鸡传染性支气管炎病毒。本研究通过RT-PCR方法对ck/CH/LNM/091017分离株鉴定及测定全基因组序列,并与27株参考毒株基因组序列进行比较分析,结果表明ck/CH/LNM/091017分离株具有典型的禽冠状病毒基因序列特征5’-replicase-S-3a-3b-M-5a-5b-N-3’。ck/CH/LNM/091017分离株基因组全长27646bp,A+T含量为61.88%,它与27株参考毒株全基因同源性在85.7%~99.9%之间。经基因组全序列系统进化树和基因组内各基因系统进化树分析,本实验所分离的IBV毒株(ck/CH/LNM/091017)与Mass型参考毒株分布在同一基因群内,属于Mass型IBV。ck/CH/LNM/091017分离株非结构蛋白ORF1a和ORF1b由11802和7959个核苷酸组成,分别编码3933个和2652个氨基酸组成的多肽。IBV遗传变异型的出现是由于少数S蛋白氨基酸的改变,其中S1基因的多样性导致的点突变、插入、缺失或重组,是IBV产生新血清型、亚型或变异株的主要原因。ck/CH/LNM/091017 S基因开放阅读框由3489个核苷酸组成,编码1162个氨基酸,裂解位点为Arg-Arg-Phe-Arg-Arg,其中S1基因由1611个核苷酸组成,编码537个氨基酸残基组成的多肽。M蛋白和E蛋白分别编码225个和109个氨基酸。N蛋白由1230个核苷酸组成,编码409个氨基酸。ck/CH/LNM/091017分离株各基因核苷酸序列与Mass型疫苗株H120的核苷酸序列同源性均在99.0%以上,亲缘关系非常近,所以ck/CH/LNM/091017毒株可能是由疫苗株发生点突变产生的新毒株或是分离到的疫苗毒。由于IB活疫苗存在毒力返祖现象,并且疫苗株有一定的致病性和传播能力,所以弱毒疫苗有可能成为突变的主体和重组变异的供体。弱毒疫苗H120对ck/CH/LNM/091017分离株动物保护试验表明,免疫鸡群无IB发病症状,非免疫鸡群的发病率为100%,死亡率为10%。剖检发病鸡、死亡鸡的病理变化表现为气管潮红、出血,有卡他性粘液,盲肠扁桃体出血,未见肾脏肿大和尿酸盐沉积等“肾型”IBV的典型病变。用间接ELISA方法对采集的鸡群血清样品进行IBV抗体检测,从免疫后第九天在免疫鸡群的血清样品中检测到抗体,90%血清为阳性。免疫后20天用分离株ck/CH/LNM/091017进行攻毒试验。攻毒后3天,免疫鸡群100%能检测到抗体。非免疫鸡群在攻毒后第9天,血清中IBV抗体检测全部为阳性。攻毒后5天,每组随机扑杀5只鸡,采集组织器官,用RT-PCR方法进行病毒检测,H120免疫ck/CH/LNM/091017攻毒组鸡群的气管、盲肠扁桃体和腺胃病毒检出率分别为60%、60%、20%,肾脏和肺脏均未检测到病毒;ck/CH/LNM/091017攻毒组鸡群的气管和腺胃100%检出病毒,肾脏、肺和盲肠扁桃体病毒检出率分别为20%、20%、60%。这些数据说明H120弱毒疫苗对雏鸡肾脏能提供较好的免疫保护,但对ck/CH/LNM/091017分离株不能提供完全保护作用。