创新是国家强盛和社会发展的主要推动力，创新问题的研究是与时代同步的、内容不断更新的长期课题，创新活动常常表现出不确定性、涌现性等复杂适应系统(CAS)的特征，因此基于CAS理论对区域创新系统进行研究具有一定的理论和现实意义。本文研究的主要内容如下： 首先，运用CAS理论和思想，分析区域创新系统的内涵、特征和模型。从阐述国家创新系统和企业创新系统的基本概念着手，界定区域创新系统的概念和内涵，分析国家创新系统、区域创新系统和企业创新系统之间的互动关系，研究区域创新系统的复杂适应性、特征、结构和功能，并建立区域创新系统的模型。 第二，运用CAS理论和方法，对区域创新系统的演化进行分析。首先分析区域创新系统演化的特点，然后据此对区域创新系统的演化阶段进行划分，并针对区域创新系统演化的形成、发育和成长三个阶段的特征，运用CAS理论，研究创新主体适应性行为的产生和粘着机制，分析创新主体的学习和创新网络的涌现机制，建立区域创新系统适应过程和协同进化的模型。 第三，根据前文分析的结论，分别从技术创新链、市场链和行政链三个方面对区域创新系统的运行进行分析。研究合作创新形成的动力因素、主要模式及管理策略；分析区域创新系统资源配置的原理，运用博弈论和CAS理论分析区域创新系统的资源配置机制；研究区域创新系统的制度结构和功能，提出区域创新系统的制度创新策略。 第四，在前文理论分析的基础上，对江苏省区域创新系统的演化和运行进行实证分析。分析江苏省区域创新系统的运行过程和演化特点，对江苏省区域创新系统运行进行动态均衡分析，并根据实证分析过程中发现的问题提出了建设江苏省区域创新系统的对策和建议。