猪的毛色是品种的重要特征之一,作为一种可利用的遗传标记,可用于鉴定品种纯度和亲缘关系、确定杂交组合、评价产品质量等。研究表明,猪的毛色表型差异主要取决于毛发中色素的种类、比例及分布。本研究中,以清平猪及其与法系大白杂交后代作为研究对象,选择5个影响黑色素合成的相关基因（MC1R、ASIP、TYR、TYRP1和SLC45A2）作为候选基因,在实验室前期100头清平母猪GWAS测序结果中筛选SNPs,利用目标捕获测序技术鉴定杂交后代的5个色素合成相关基因SNPs位点的基因型,研究其单核苷酸多态性。主要研究结果如下:1.清平猪MC1R基因CDs区筛选到7个SNPs位点,4个错义突变的ID号分别是rs326921593、rs705222433、rs45434630和rs45434629,3个同义突变的ID号分别是rs327940565、rs45435031和rs345201947。测序结果说明,清平猪的黑色表型是由E^D1等位基因控制的,属于显性黑毛体系,与其他中国黑猪的研究结果一致。2.清平猪ASIP基因CDs区筛选到1个非同义突变SNP,ID号为rs695545599。对法系大白×清平猪（大清）杂交F₂代7种不同毛色个体rs695545599位点进行基因分型,卡方检验结果显示该位点的各基因型在7种毛色群体中的分布差异不显著（P>0.05）,该位点与猪毛色变异无关。3.清平猪TYR基因CDs筛选到8个SNPs位点,其中有1个是非同义突变SNP,这是一个新突变,将其命名为:g.22603899 G>C。对大清杂交F₂代7种不同毛色个体g.22603899 G>C位点的进行基因分型,卡方检验结果显示该位点的各基因型在7种毛色群体中的分布差异显著（P<0.05）,说明该突变可能与猪毛色变异有关,但还需要进一步研究证明。4.清平猪TYRP1基因CDs区筛选到7个SNPs位点,其中有3个是非同义突变SNPs,ID号分别为rs80932060、rs80930111和rs328212230。对大清杂交F₂代7种不同毛色个体3个位点进行基因分型,卡方检验结果显示该位点的各基因型在7种毛色群体中的分布差异不显著（P>0.05）,说明这3个位点均与猪毛色变异无关。5.在清平猪SLC45A2基因CDs区筛选到11个SNPs位点,其中有1个是非同义突变SNP,ID号为rs318960545。对大清杂交F₂代7种不同毛色个体rs318960545位点进行基因分型,卡方检验结果显示该位点的各基因型在7种毛色群体中的分布差异不显著（P>0.05）,说明该位点与猪毛色变异无关。