辣椒（Capsicum annuum L.）属于茄科（Solanaceae）辣椒属（Capsicum），为一年生或有限多年生草本植物，因其较高的经济实用价值和较好的环境适应性在世界范围内广泛种植。本研究通过构建两个RIL（重组自交系）群体，利用SSR、CAPS、SNP等分子标记进行遗传图谱的构建，定位并分析了两个群体的植物学性状及一个群体的抗病性，以期得到目标性状之间的相关性以及紧密连锁的分子标记。本研究的主要内容和结果如下：（1）辣椒植物学性状及抗病性的调查与分析：参照IPGRI的辣椒植物学性状调查标准，在不同年份对RILs(83-58×perennial)群体及亲本和RILs(H3×83-60)群体及亲本进行多个植物学性状的调查。对RILs(83-58×perennial)群体及亲本进行辣椒疫霉病（Phytophythora capsici L）的抗性鉴定，分别在感受期、诱导期、稳定期分析群体及亲本抗性。结果显示，数据呈偏正态分布，柱形图呈连续分布，调查性状受多个基因及环境的共同影响。两群体植物学性状的相关性分析结果均显示，节位与株高、叶长、叶宽呈显著正相关，果实横径与果形指数呈显著正相关。（2）RILs(83-58×perennial)图谱的构建：以83-58与perennial为父母本构建的种内RILsF5为作图群体，在亲本和群体中进行多态性分子标记的筛选与检测，利用Joinmap4.0以LOD>=2.5对标记进行遗传连锁分析，构建了一个包含有18个连锁群的遗传图谱，该遗传图谱共有131个标记，其中SSR标记105个，CAPS标记23个，SCAR标记1个，1个与果柄方向有关的形态标记（up），一个辣椒辣味有无形态标记（c）。该图谱全长633.71cM,标记间的平均距离为4.8cM。（3）RILs(83-58×perennial)群体植物学性状的QTL定位：对植物学性状和抗病性进行QTL定位，共检测到株高、伸展度、始花节位、叶长、叶宽、侧枝长度、果实相关性状（果形、果形指数、心室数、果实横径等）、抗疫病相关的QTL位点20个。其中贡献率大于10%的QTL位点14个，占总数的60.8%，在两次调查结果中可以重复检出的QTL位点有三个；检测出的QTL位点LOD值范围为2.7～19.1，可解释表型变异率在7.2%～81.4%之间。（4）RILS(H3×83-60)图谱的构建：利用简化基因组测序技术进行高密度遗传图谱的构建，共包含12个连锁群，7331个标记，包括SNP标记7308个，SSR标记22个，该图谱覆盖基因组总长度为1973cM。各连锁群标记间遗传距离为0.21cM～0.52cM，各连锁群的长度在85cM～280cM之间，图谱总平均图距为0.27cM，各连锁群的平均长度为164.4cM。（5）RILS(H3×83-60)群体植物学性状的QTL定位：对始花节位等11个性状进行QTL定位，在LOD>=3的条件下共检测到35个QTL位点，这些QTL位点分布不均匀，除第6、9号染色体外其余10条染色体上均有分布。其中始花节位与叶柄长定位到的QTL位点最多为8个。本研究所检测到的35个QTL位点中，贡献率范围为15%～69.9%。有些QTL呈重合和连锁分布。（6）对两个群体定位结果进行联合分析，株高、始花节位、叶长、叶宽、心室数、果形在两群体中均检测到QTL位点，其中始花节位、叶长、心室数、果形四个性状均检测到位于相同染色体上的QTL位点，但不确定是否为同一位点。在两次定位结果中都发现存在QTL位点成簇分布及性状连锁的现象，这与性状调查数据的关联性分析相一致。