SSCP技术在斑马鱼大规模突变体筛选中的应用

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随着基因组学研究的逐步深入,大规模基因功能的研究变得愈来愈普遍,由此催生了基因敲除技术的快速发展。近年来,多种基因敲除技术不断涌现,从ZFNs到TALENs再到CRISPR/Cas9技术,使得基因敲除变得更加容易和高效,尤其是CRISPR/Cas9技术的出现和迅速发展大大简化了基因敲除的操作流程,降低了基因敲除的难度。我们利用CRISPR/Cas9技术对斑马鱼1号染色体上的10个基因进行敲除,尽管CRISPR/Cas9技术使得基因敲除变得相当容易,但是并非所有经过显微注射入Cas9 mRNA和gRNA的胚胎都能够发生突变。因此,我们需要从大量的斑马鱼中筛选出突变携带体、杂合突变体和纯合突变体仅仅只依靠测序是不够经济的。本研究主要是利用SSCP技术首先从经过显微注射的斑马鱼中筛选出突变携带体,接着从突变携带体与WT外交的后代中检测出含有有效突变的杂合突变体,最终还要利用SSCP技术从杂合突变体自交的后代中筛选出纯合突变体。我们首先利用SSCP技术分别对ZK01114等10个基因中的7个基因进行突变携带体的检测,经过SSCP筛选出的疑似突变携带体经过测序验证都为突变携带体。接着,我们利用SSCP技术对ZK01114等10个基因中的9个基因进行杂合突变体筛选,在9个基因中我们都筛选得到了疑似杂合突变体并经过测序验证确实都为杂合突变体。最后,我们利用SSCP技术对ZK01114等9个基因进行纯合突变体筛选时,除ZK01130基因没有筛选得到纯合突变体外,其他基因都得到了数目不等的纯合突变体。在纯合突变体筛选时,我们进一步使用了“两次”SSCP技术对带型接近WT的纯合体进行筛选,将筛选纯合体的问题转化成为了筛选杂合突变体的问题,提高了SSCP技术的检出率。同时,我们对传统的SSCP技术进行了改进,省去了对混合样品进行加热和放冰冷却的步骤,简化了实验步骤,但是我们利用简化的SSCP技术对多个基因进行筛选发现,简化后的SSCP技术能够得到与简化之前基本相同的检测效果。综上所述,SSCP技术在突变携带体、杂合突变体以及纯合突变体的筛选中都具有很好的检出率,适用于大规模突变体的筛选。同时,实验技术的简化进一步缩短了检测时间,提高了检测效率。
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