近年来贪官携款外逃,各种形式的恐怖组织犯罪不但威胁到了民众的财产、健康甚至生命权,也严重地动摇了党和政府的执政之基。但对此类犯罪的惩治又常常因犯罪嫌疑人、被告人逃匿或死亡等原因导致诉讼进程的中止,鉴于上述司法困境,2012年新《刑事诉讼法》在“特别程序”一编中增设了违法所得没收程序。该程序的设立无疑弥补了我国刑事缺席审判制度缺失所带来的不足,对我国刑事立法体系的完善起到了重要作用,并有利于解决预防与打击腐败犯罪、恐怖活动犯罪现实难题,亦对追缴域外违法所得财产,加强国际司法协作具有积极意义。尽管违法所得没收程序在诸多方面都具有鲜明的时代进步性,但其作为一项全新的制度设计,难免存有一些不足之处,而目前针对该领域的理论研究和规范分析尚不多见,因此有必要立足实践进行深入、系统的研究。本文以修改后的《刑事诉讼法》设立的违法所得特别没收程序为主线,结合法律规定、司法解释和规范性文件的相关规定,将全文分为五部分进行论述。第一部分从国内外立法背景、相关法律规定以及设立意义三个方面对违法所得没收程序进行概述,对该程序的由来、内容以及优势有所介绍；第二部分从法理基础和现实意义两方面对违法所得没收程序的基本理论进行分析,着重强调该程序的合理性及必要性问题；第三部分则是对域外相关没收程序进行考察与比较分析,其内容主要包括刑民并行的违法所得没收程序、保安处分程序、缺席审判程序、单独的违法所得没收程序以及对国外各类没收程序作简要评价；第四部分是对违法所得没收程序的实证研究,通过对司法实践中发生的两起典型案例进行介绍,分析出目前该程序在运行过程中遇到的以及法律未作明确规定但又亟待解决的一些现实难题；第五部分通过系统地梳理和研究违法所得没收程序涉及的主要问题,并在对域外相关没收程序比较分析基础之上,根据立法精神和法律原则对相关司法难题提出了初步的处理意见。希冀此文对司法实践中依法处理涉案财物能有所裨益,亦对深入该领域的理论研究有所贡献。