利用转录组学验证胃癌患者唾液代谢组的诊断效力和预后相关性

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背景介绍胃癌是我国最常见的恶性肿瘤,起病隐匿,晚期胃癌预后极差。早期诊断是改善其预后的关键。随着次世代测序技术和质谱技术的发展,组学关联分析越来越受到重视,许多研究利用代谢组学和转录组学联合分析,探究肿瘤的发病机制。如同血液尿液一样,唾液可以用来监测人体的生理病理变化,且在收集,存储,运输和大量采样方面具有巨大优势。方法收集157名胃癌患者和30良性胃病患者的唾液进行超高像色谱质谱分析,再通过学生t检验(p<0.05)和OPLS-DA(VIP>1)分析寻找诊断相关标志物,之后再对患者进行随访并对随访数据进行COX风险回归分析筛选预后相关代谢物。同时收集了100名患者的胃癌组织样本和30例癌旁组织样本进行转录组学测序,以q(多重假设检验校正的p值)小于0.05,两组间基因表达差异倍数(foldchange)的绝对值大于2作为标准筛选显著性DEGs。最后,对两个组学的数据进行KEGG pathway富集分析,以KEGG数据库为平台进行关联分析。结果在唾液UHPLC-MS分析中得到了58个显著差异的代谢物。基于8个差异代谢物的诊断模型提供了最佳的诊断灵敏度和特异度,经留一法交叉验证分析后分别达到了90.5%、73.3%。进一步的COX回归分析显示出5-Methyl-THF与预后存在显著的相关性。经过代谢组与转录组的关联分析,发现大多数差异代谢物与相应的调控基因呈现高度的一致性。结论唾液代谢物确实可以作为胃癌诊断和预后合适载体,并且它能够准确地反映出胃癌基因组的变化。
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