略阳乌鸡作为陕西省唯一的地方家禽种质资源品种,近年来受到越来越多的关注。作为地方品种,受当地传统文化和地理条件限制,有多种养殖方式并存。本试验对当地流行的三种养殖模式进行研究,对比不同养殖模式下略阳乌鸡生长性能、屠宰性能、免疫性能;肠道微生物群落分布的差异;肠道组织形态的差异,结合肠道组织形态与肠道菌群的相关性分析;采用荧光定量PCR分析不同养殖模式下的差异菌群,验证16S RNA测序结果,并分析了菌群之间的相互作用,旨在筛选出不同养殖模式下的优势菌群以及影响略阳乌鸡营养物质消化吸收的相关菌群。结果表明:（1）生长速度笼养模式和网上平养模式无显著差异（P＞0.05）,均显著高于散养模式（P＜0.05）,笼养母鸡在生长后期体重极显著高于网上平养和散养模式（P＜0.01）。网上平养模式下的略阳乌鸡疾病发生率和死亡率较低;（2）散养组略阳乌鸡宰前体重、胴体重、胸肌重、腿肌重均极显著低于笼养组和网上平养组（P＜0.05）,笼养组和网上平养组各项屠宰性能指标无显著性差异（P＞0.05）,笼养组的屠宰率显著高于散养组（P＜0.05）。（3）网上平养模式下略阳乌鸡体内Ig G、Ig M含量高于笼养组和散养组,Ig A含量显著高于笼养组（P＜0.05）,散养模式和笼养模式无显著性差异（P＞0.05）,网上平养模式下略阳乌鸡免疫水平较高;（4）不同养殖模式改变了略阳乌鸡肠道内菌群的丰度比例,笼养略阳乌鸡肠道内厚壁菌与拟杆菌比例最高,散养乌鸡最低;另外,散养模式变形菌门比例高于其他两组,其中,大肠杆菌-志贺氏菌（Escherichia-Shigella）、幽门螺杆菌（Helicobacter）和弯曲杆菌（Campylobacter）的丰度显著上升;（5）共发现了21种在不同分类水平的差异菌种,其中,散养组富集的微生物类群主要为肠杆菌科（Enterobacteriaceae）、弯曲杆菌门（Campylobacteria）、螺杆菌科（Helicobacteraceae）;平养组富集的微生物类群以疣微菌门（Verrucomicrobia）和阿克曼氏菌（Akkermansia）为主;笼养组富集的微生物类群主要为瘤胃球菌科（Ruminococcaceae）、梭状芽胞杆菌（Clostridia）、厚壁菌门（Firmicutes）和拟杆菌门（Bacteroidetes）;（6）散养组略阳乌鸡十二指肠、空肠的绒毛高度显著降低（P＜0.05）,回肠的绒毛高度极显著降低（P＜0.01）,绒毛高度与隐窝深度的比值显著降低（P＜0.05）,散养略阳乌鸡对饲粮消化吸收能力低于笼养和网上平养模式;（7）小肠绒毛高度与考拉杆菌属、普拉梭菌的相对丰度呈正相关,与弯曲杆菌、志贺氏菌的相对丰度呈负相关,隐窝深度与嗜黏蛋白阿克曼菌呈负相关,绒隐比与普雷沃氏菌＿UCG-001、幽门螺杆菌丰度呈负相关;（8）散养略阳乌鸡肠道内有害菌大肠杆菌、弯曲杆菌含量极显著高于网上平养和笼养（P＜0.01）,乳酸杆菌和拟杆菌表达极显著低于笼养和网上平养（P＜0.01）。同时,网上平养鸡肠道内弯曲杆菌表达量极显著高于笼养（P＜0.01）,以上结果同本研究16S RNA测序数据一致。综上所述,不同养殖模式对略阳乌鸡生长性能、屠宰性能、免疫性能均产生显著影响,综合评定,网上平养模式更适合略阳乌鸡科学养殖。此外,本试验的肠道菌群丰度差异以及菌群及肠道组织形态的相关分析研究为筛选肠道优势菌群和影响绒毛组织形态的差异菌群、建立略阳乌鸡健康养殖标准、改善略阳乌鸡营养水平,筛选作为益生菌添加剂的优势细菌奠定了理论基础。