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作为科技创新的主要活动之一,研究与试验发展(R&D)活动既是衡量一个国家科技活动规模的重要指标,也是评价国家科技实力和创新能力的重要指标。R&D投入是推动科技创新和技术进步的源泉,是促进经济增长的内在动力,也是推动我国经济转型的重要因素。新疆作为我国欠发达地区之一,其主导产业——工业的发展对新疆的经济起着至关重要的作用。在新疆努力实现跨越式发展的新形势下,研究新疆工业企业R&D投入的效应问题就显得尤为重要。本文以2001-2012年《中国科技统计年鉴》为数据来源,通过原始数据的整理与分析,首先摸清新疆工业企业R&D投入的现状,了解与国内其他省、市、自治区存在的差距:新疆工业企业R&D人员投入、R&D经费投入和专利产出均逐年增加,年均增长率分别为8.25%、24.88%和48.06%;R&D经费投入强度保持在0.36上下浮动;其中R&D经费投入中以企业资金为主。与国内其他省、市、自治区相比,新疆工业企业R&D人员投入、R&D经费投入、R&D经费投入强度和专利产出均处于全国下游水平,分别位列全国第27位、27位、29位、25位。新疆工业企业R&D投入效应表现为两个方面,其一为第一阶段知识生产过程的专利效应,其二为经济生产过程的经济效应。针对新疆工业企业第一阶段知识生产过程中R&D投入与专利产出、以及第二阶段经济生产过程中专利产出与工业经济发展两方面的影响关系及程度研究,本文采用协整理论、向量自回归模型、脉冲响应函数和方差分解分析进行实证分析及检验。实证分析结果表明:新疆工业企业R&D投入与专利产出之间、专利产出与工业经济发展之间均存在长期均衡关系。新疆工业企业R&D经费投入能够促进专利产出,但R&D人员投入对专利产出没有促进作用;专利产出能够促进工业经济的发展。脉冲响应函数与方差分析的结果都表明R&D经费投入对专利产出的影响作用最大,R&D人员投入的作用微乎其微;工业经济发展对专利产出的影响程度较大。这说明新疆工业企业R&D经费的投入是推动工业企业专利产出最重要的因素,但R&D人员的投入对专利产出的拉动作用没有充分发挥出来,同时现有的专利创新成果的市场价值未得到充分的利用,对工业经济的刺激作用略低。最后,本文根据实证分析的结果,提出可行的、科学的决策参考:一是营造崇尚科技创新的氛围;二是加大工业企业R&D经费投入力度,拓宽R&D经费的融资渠道;三是加快人才引进与培育,建立高素质的R&D人才队伍;四是推动产学研在知识生产和经济生产过程中的作用;五是抓住丝绸之路经济带建设的机遇期,开展国际科技合作。