大熊猫(Ailuropodaoda melanolenca)是我国特有的珍稀保护动物，已被列为国家Ⅰ级重点保护野生动物和《濒危野生动植物种国际贸易公约》(CITES)附录Ⅰ物种。经过几百万年的自然兴衰演化，以及受人类历史漫长发展岁月的影响，现今的大熊猫已数量稀少，成为了名副其实的“活化石”。本研究以成都大熊繁育研究基地采集的大熊猫个体“二丫头”肝脏样品基因组DNA利用磁珠富集法构建了大熊猫的微卫星DNA文库。通过筛选文库，测序，设计了67对大熊猫微卫星引物，经检测有30对能够稳定扩增出特异性目的条带。然后通过多样性检测分析成功得到了16个具有多态性的新的大熊猫微卫星位点。利用来自成都大熊繁育研究基地的12个大熊猫血液样品和来自秦岭大熊猫野生种群的7个皮张样品，我们初步分析了大熊猫圈养和野生种群的多态性。得到的结果是，圈养种群和野生种群的期望杂合度分别为0.6476和0.6386，遗传多样性水平较高。通过运用软件GENEPOP做了连锁不平衡检测，获得7对有意义的连锁不平衡位点(P＜0.05)，其中圈养种群中有5对。Hardy-Weinberg平衡检测显示有6个位点明显偏离HWE预期值(p＜0.05)。