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喜盐鸢尾（Iris halophila）是鸢尾科鸢尾属多年生草本植物。具有观赏价值高,抗旱、抗寒、抗虫害特性强,适应性强、管理粗放等优点,在园林绿化等方面将会有较大的用途。目前,喜盐鸢尾尚处于未开发状态,由于环境变化及人类活动等的影响,其遗传多样性有逐渐丧失的危险。本文利用ISSR和RAPD两种分子标记方法对新疆野生喜盐鸢尾居群的遗传多样性进行了研究。1.通过均匀设计建立了喜盐鸢尾DNA模板均为25μL的ISSR-PCR和RAPD-PCR体系, ISSR-PCR为: 2.5μL 10×PCR Buffer,2.0mmol/L Mg2+,250μmol/L dNTP,0.1μmol/L引物,0.5U TaqDNA聚合酶,40ng模板DNA;扩增程序为:94℃预变性3min;接着进行40个循环:94℃变性45s,50-56℃退火30s,72℃延伸1.5min,循环结束后,72℃延伸5min。RAPD-PCR为:2.5μL 10×PCR Buffer（含Mg2+）,200μmol/L dNTP,0.4μmol/L引物,0.75U TaqDNA聚合酶,16ng模板DNA;扩增程序为:94℃预变性3min;接着进行40个循环:94℃变性1min,35-38℃退火1min,72℃延伸2min,循环结束后,72℃延伸10min。最终产物均于4℃保存。2.总共筛选出10条ISSR引物和8条RAPD引物。两种标记对于全部9个居群的多态位点比率分别为100℅和99℅;Shannon多样性指数（I）为0.5224和0.4995;Nei’s遗传多样性指数（He）为0.3479和0.3331;居群内遗传多样性（Hs）为0.2141和0.1871;基因分化系数（Gst）为0.5333和0.5282;基因流（Nm）为0.4376和0.4466。3.根据ISSR标记和RAPD标记数据,对新疆野生喜盐鸢尾居群进行了UPGMA聚类分析:9个居群大致可分为3组,根据地理距离的远近,采自同一个地区的居群之间遗传距离较近,遗传距离与地理距离之间具有一定的相关性。ISSR标记与RAPD标记之间的遗传相似系数之间的相关性r=0.968,p=0.001,表明应用这两种技术对新疆野生喜盐鸢尾居群遗传多样性的分析具有较高的一致性。