二元经济理论作为发展经济学的一个组成部分，面临着挑战并具有创新的内在要求，而二元经济结构作为我国经济体系的一个基本特征，也需要制定有效的措施以加速转化。基于此，区别于从资源配置角度出发的研究思路，本文利用新兴古典经济学的分析框架，试图从分工演进的角度提出一个比较系统的二元经济结构理论框架，然后据此分析我国二元经济结构的特征并给出促进转化的思路。 在理论构建的层面上，本文在文献综述的基础上指出：相对于资源配置，分工组织是研究二元经济结构的一个新视角。然后利用两个模型，分别推导出二元经济结构的对立原因是两部门的个人专业化水平、迂回生产程度和中间产品种类数存在差异，即二元经济结构的形成原因是两部门不同的分工水平；随着分工组织的演进，二元经济结构的转化趋势是工业化、以及在此基础上的服务业的兴起和城市化水平的提高。问题的关键是：分工演进要受到交易效率的影响，在分工收益既定的条件下，交易效率又取决于受交易技术和交易制度两种因素决定的交易费用，因此交易费用、交易效率以及分工演进就成为影响二元经济结构转化的决定性变量。如果上述变量能够发挥正向作用，则二元经济结构就会顺利转化并表现出市场拓展、资源配置、收入分配、地区发展和知识扩散等积极效应。最后，依据本文的逻辑还可以提出一个描述二元经济结构从产生到转化全部图景的“倒U型曲线”。这样，从分工组织和交易效率的角度出发，本文提出了一个包括二元经济结构产生原因、转化趋向、影响因素、转化效应及其整个图景的理论框架。 在应用研究的层面上，利用前文的理论框架分析了我国的二元经济结构问题。为此，首先通过指标测度了我国二元经济结构的演化过程，指出这个演进的基本特征：纵向的演进性、横向的滞后性以及地区的差异性，尤其是相对滞后性引致出资源配置低效、城市发展滞后、城乡差距拉大、地区发展失衡以及农业发展缓慢等诸多问题。由此出发，重点探讨了形成上述特点的原因，计量经济学的模型显示：我国的二元经济结构转化的确表现出工业化、及其在此基础上的服务业的兴起和城市化水平提高这种趋势，因此就应该从分工演进、交易效率以及交易费用这条线索进行分析，结果显示无论是交易技术、还是交易制度都表现出纵向上演进、横向上滞后和空间上差异的特征，这可以对我国二元经济结构转化的特征予以解释。特别是交易费用较高与转轨经济体制这个背景密切相关，因此我国的二元经济结构转化体现为一个“经济转轨过程中特殊的发展问题”。沿着上述思路，提出了加快我国二元经济结构转化的背景、原则和思路，这个思路的核心是降低交易费用、提高交易效率、促进分工演进、加快结构转化，为此就要在农业内部的分工、工业和服务业的分工以及国际范围的分工等多个层面上采取有效的措施。