论文部分内容阅读
海洋沉积环境是一类典型而又复杂的海洋生境,蕴含着丰富且独特的海洋微生物资源。目前普遍认为99%以上的海洋微生物尚未实现纯培养,如何快速大量地从海洋沉积环境中获得微生物纯培养已成为该学科研究的“瓶颈”。本论文利用免培养手段,通过分离培养策略的改变对南海沉积环境中的可培养细菌多样性进行调查,从中挖掘具有应用潜力的菌种和新物种资源。
首先,通过Bar-coded454测序技术对4个不同深度南海沉积物的细菌群落组成进行考察,所有的样点共获得40483条细菌16SrRNA基因序列在0.03和0.05的cutoff值上分别划分为1792个OTUs和1225个OTUs,探测到涵盖细菌域内14个已确定分类地位的门,优势类群包括变形杆菌门(Proteobacteria),厚壁菌门(Firmicutes),拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)。2%的OTUs通过Classifer分析是不能确定其所在的某个已知细菌类群的(Unidentifiedbacteria)。实验数据显示,随着样品深度的增加,变形杆菌门(Proteobacteria)类群所占的比例呈现递增趋势,厚壁菌门(Firmicutes)反之,而拟杆菌门(Bacteroidetes)类群所占的比例呈现出先增加后减少的趋势,这与国外最新的研究报道结果相一致。
在免培养检测结果的指导下,首次将蔗糖密度梯度离心法用于海洋沉积物细菌的分离。与之前的分离方法相比,解决了介质粘性对微生物附着、分离物种单一、计数误差大等一系列问题。结果表明:蔗糖密度梯度在离心转速为2200-2500r.p.m和蔗糖梯度组合为70%*50%*30%时对沉积物细菌分离效果较好,出菌率高、多样性丰富且获得大量的新分类单元。随着蔗糖浓度梯度的增加,微生物的数量不仅多且类群更加丰富多样化。另外研究发现:尽管变形菌门(Proteobacteria),厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门(Actinobacteria)这三个门因其囊括了许多生理特性不同的细胞而普遍存在于不同的蔗糖密度梯度中。但是放线菌门(Actinobacteria)的微生物类群倾向于分布在蔗糖密度中等层,厚壁菌门(Firmicutes)的菌集中分布在低密度层中,而变形菌门(Proteobacteria)的类群在高密度层分布比例较高。可以推断这三大类群细菌的细胞比重是存在明显差异的。除此之外,通过蔗糖密度梯度离心法对小单孢菌属(Micromonospora)类群实现了高效选择性分离,以上研究对定向筛选目标菌株或者特定类群,具有较好的参考意义,将益于我们纯培养的研究。
在此基础上,论文通过纯培养的方法考察了南海沉积环境的细菌多样性,从南海沉积环境样品中共分离到923株纯培养物,根据系统发育分析结果显示,它们属于细菌域的4个门、40个科、64个属、192个种,各个种在不同沉积环境分布的广泛性有较大的差异。芽孢杆菌属(Bacillus),链霉菌属(Streptomyces),小单孢菌属(Micromonospora)和马杜拉菌属(Atinomadura)依然是分离频率最高的类群。相似性低于98.0%的菌株53株包括3个潜在新属。通过形态与培养特征、生理生化特征、化学指标特征、基因组DNAG+Cmol%和基于16SrRNA基因序列系统发育分析等对候选物种进行了多相分类研究,确定了15株菌的分类地位,目前完成描述1个新属中华微杆菌属(Sinomicrobium),3个新种Streptomycesglycovoranssp.nov.,Streptomycesxishensissp.nov.andStreptomycesabyssalissp.nov.,其他新物种鉴定工作正在进行中。