本文研究了水芹在不同水淹条件下形态结构的改变及生物量的变化，主要是两种不同形式的叶片（水生叶和陆生叶）解剖结构的差异以及出水对其光系统Ⅱ功能和光抑制的影响，以期揭示不同水淹对水芹生长的影响和水芹光合机构在水淹条件下及出水后的变化、运转状况以及可能的死亡原因。以及原位试验中不同水淹深度和时间的盖度变化。结果表明：　　1)在形态上，对照组和半淹组无显著差异，全淹植株在新生叶叶柄长和匍匐茎长度以及新生叶叶柄与地面的夹角显著增大。　　2)半淹组植株所产生的不定根数量远远大于全淹组植株。　　3)半淹组植株在生物量的积累上较对照组植株低；全淹限制了水芹生物量的积累，总生物量及个器官生物量均呈下降趋势。全淹组植株的叶生物量比（LMR）和支持结构比（SBR）显著大于对照组和半淹组。但在根生物量比（RMR）方面对照组植株较全淹组植株和半淹植株大，但差异不显著。　　4)水淹条件下新生功能叶光系统II（PSII）最大光化学效率(Fv/Fm)，量子效率和产额(ψo,φEO)与对照叶片差异很小，但水淹使陆生功能叶的Fv/Fm显著降低；植株总生物量呈负增长趋势。　　5)活体弱光条件下水生叶出水后2h叶片相对含水量（RWC）和Fv/Fm无显著变化；活体中等光强和强光条件下其RWC和Fv/Fm迅速降低。　　6)离体条件下，5h的中等光强对水生叶的Fv/Fm影响不显著，在随后的弱光下能恢复到出水时的初始状态；强光能使水生叶的Fv/Fm大幅降低，且弱光下不能恢复到出水时的初始水平。　　7)在解剖结构上，水芹的水生叶在叶片总厚度、上下表皮厚度和气孔大小都显著的低于陆生叶，水生叶没有明显的栅栏组织分化，但是水生叶上表皮的气孔密度却显著高于陆生叶。　　8)在原位试验中：随着水下深度的增加，狗牙根的相对盖度越来越小，但在水下25m，水淹180d后仍有存活。水淹使水芹原陆生叶光系统II（PSⅡ）的功能迅速衰退，但对新生叶片影响很小；水芹植株出水后，叶片结构变化使其光下保水能力下降，而强光导致了光合机构的光抑制和反应中心失活；田间条件下两者共同作用则加剧了光合机构的破坏，进而致使叶片死亡。但水生叶出水后迅速死亡，并不表示整个植株在出水后不能存活，从原位试验可看出狗牙根出水后在一定时期内仍在生长，这对三峡库区消落带治理是很有价值的。