【摘 要】
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目的:1.运用高通量测序技术探寻紫癜性肾炎热毒伤络证患儿全外显子组变异位点信息,筛选致病突变基因;2.回顾性文献研究,通过NCBI对候选基因进行查阅验证,确定儿童紫癜性肾炎
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目的:1.运用高通量测序技术探寻紫癜性肾炎热毒伤络证患儿全外显子组变异位点信息,筛选致病突变基因;2.回顾性文献研究,通过NCBI对候选基因进行查阅验证,确定儿童紫癜性肾炎热毒伤络证的可能致病基因,为中医临床精准治疗提供新的视野和理论依据。资料与方法:本次实验对象由6例HSPN热毒伤络证患儿及6例健康儿童组成,采取病例对照二阶段设计,第一阶段通过采集其外周静脉血提取DNA,对样本的全外显子区域DNA进行高效富集并进行高通量测序。对所得测序序列进行生物信息学分析,最终得到与疾病相关的候选致病突变。第二阶段通过查阅大量与候选基因相关的文献,并在NCBI中搜索研究候选基因,最终确定可能致病基因。结果:1.全外显组测序主要能够得到的信息是点突变,即单核苷酸多态性(SNP,singlenucleotide polymorphism)改变和插入缺失(INDEL,insertion-deletion)突变,对拷贝数变异(CNV,copy number variation)不敏感。2.12例样本中共有51141个SNP变异位点,其中经SIFT、Polyphen、Mutation Taster和CADD评估为有害性为3999个;共有91211个INDEL变异位点,有害性715个。参考美国医学遗传学和基因组学学会(ACMG)的证据对突变位点有害性进行分类,致病性和可能致病性变异位点共62个,不确定性变异有害性位点7862个。3.在过滤有害位点基础上,至少在两位患者中共有的突变位点有246个,集中在142个基因中。4.对候选基因进行富集分析,发现其参与蛋白质的消化吸收,参与细胞内单一小分子的催化代谢过程,参与调节p53信号通路、TGF-β信号通路。5.利用Phenolyzer对候选基因进行排序,最终得到可能致病基因19个。6.在NCBI中查阅19个致病基因及其相关文章,进一步缩小范围,确定疾病的可能致病基因为COL4A3、COL4A4。结论:1.与健康组对照,紫癜性肾炎热毒伤络证患儿全外显组基因表达存在显著差异;2.差异性表达的全外显组变异位点可能参与细胞内单一小分子的催化代谢过程,参与调节p53信号通路、TGF-β信号通路;3.COL4A3、COL4A4可能为儿童紫癜性肾炎热毒伤络证的致病基因,但确切结论仍需后续大量样本进行验证。
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