认罪认罚从宽制度是在“刑事宽和”理论的影响下由全国人大常委会推出的一项刑事司法制度,旨在构建刑事案件分流机制,提高刑事诉讼效率,优化司法资源配置,体现对犯罪嫌疑人、被告人的权益保护。认罪认罚从宽制度对被告人认罪的案件实现实体上的从宽处罚和程序上的从简办理,因而被称作中国版的“辩诉交易”。目前该制度在司法实践中仍处于试点阶段,立法层面上,我国尚未建立起完整的法律规范体系;司法层面上,由于各地的司法习惯和认知不同,使得认罪认罚从宽制度很难得到有效、统一地运行。本文着重于研究该制度的运行程序,从实证主义角度,对该制度提出的立法背景和司法现状进行了全面的分析,指出该制度在实践中所要面临的困境和原因,尤其关注了法官、检察官员额制改革所带来的冲击。本文亦采用比较研究的方法,将该制度与美国辩诉交易制度的程序运行进行对比,充分借鉴了辩诉交易的正当程序保障机制,对该制度在刑事诉讼中的实际操作运用提出了丰富的构想,通过构建程序适用体系、改革证据证明模式、完善制度保障机制,立足在公诉环节实现刑事案件认罪与不认罪的分流,为司法实践者提供有益的参考。