颗粒野生稻(Oryza granulata Nees et Arn.ex Watt)是分布在我国的三种野生稻之一，属于GG基因组，位于稻属系统进化树的基部。该种具有耐荫、抗旱和对白叶枯病免疫等特性，使其成为水稻品种改良的重要种质资源。但是，由于人类的过度开发，使颗粒野生稻生态环境遭到了严重的破坏，许多居群处于濒危甚至灭绝的状态。本研究利用两个核基因片段EMF2和ERCC42的序列数据，探讨了分布于云南和海南的颗粒野生稻居群在DNA水平上的遗传多样性和居群遗传结构，对颗粒野生稻居群进化历史进行了推测，进一步探讨了颗粒野生稻的科学有效保护策略。主要研究结果如下：　　 1.遗传多样性和群体遗传结构　　 利用核基因EMF2片段对分布于云南和海南23个居群的192个个体进行了分析，共得到6个单倍型。其单倍型多态性水平(Hd=0.602)偏低。AMOVA分析结果显示颗粒野生稻的遗传变异主要存在于居群间(99.61％)，说明该种存在严重的居群间分化，而居群内遗传变异却很小(0.13％)。　　 本研究对20个居群的184条ERCC4核基因片段序列进行分析，共得到7个核基因单倍型。ERCC4核基因片段的单倍型多态性水平(Hd=0.633)和核基因片段EMF2得出的结果相近。AMOVA分析所得出的结果显示颗粒野生稻ERCC4核基因片段的遗传变异主要存在于居群间(89.97％)，该研究结果和EMF2基因片段所得的结果一致。　　 2.颗粒野生稻居群的进化历史分析　　 利用核基因EMF2和ERCC4对23个和20个颗粒野生稻居群进行了分析，分别得到6个和7个核基因单倍型，结果显示颗粒野生稻居群间出现较大的遗传分化。EMF2中最古老的单倍型2分布于澜沧江、怒江和元江流域的15个居群中；在ERCC4中最古老的单倍型3分布于澜沧江、怒江和元江流域的14个居群中。对192条EMF2和184条ERCC4核基因片段进行分析，得到6个单倍型和7个单倍型，广布单倍型主要存在于谱系内部节点。　　 为了检验颗粒野生稻是否经历过扩张，本研究分别对192条EMF2和184条ERCC4基因片段分别进行分离位点间的失配分析，其失配分析曲线表现为明显的双峰或者三峰，说明在近期颗粒野生稻没有发生过群体扩张。Mantel检测显示：地理距离的隔离可能加剧了颗粒野生稻居群间的分化。　　 3.对颗粒野生稻种质资源保护的建议　　 本研究所得出的结果表明，云南和海南的居群间及两地区的居群间均存在明显的遗传分化。云南和海南的群体内存在较小的遗传变异。因此，在制定保护策略时，建议尽可能保护较多的居群；同时，尽可能保护居群内较多的个体。