随着新一代测序技术的发展，人们发现在真核生物基因组中并不是所有的RNA都能编码蛋白质，其中大部分基因转录生成的RNA都不能编码蛋白质，这些RNA称为非编码RNA。其中一种新兴的非编码RNA是长链非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA），它们长度大于200nt，并且有和编码蛋白基因几乎一样多的数目。近年来，人们发现lncRNA在真核生物体内有着多种多样的生物学功能，它们能够以多种方式参与基因的表达调控。lncRNA也是由DNA序列按照碱基互补配对规则转录生成的，在转录过程中也会受到转录因子的调控作用。在先前的研究中，人们往往只针对转录因子对编码蛋白基因的调控作用，而不了解转录因子对lncRNA基因的调控作用。　　在本课题中，我们首先研究了不同细胞系中lncRNA基因和编码蛋白基因的表达情况。我们又基于SVM模型，利用H3K4me1、H3K4me2、H3K4me3、H3K9ac、H3K27ac以及H3K27me3这六种组蛋白修饰来分析lncRNA基因和编码蛋白基因的启动子。最后，基于混合朴素贝叶斯方法，利用转录因子PWM得分、DNaseI footprint数据、六种组蛋白修饰数据，我们构建了贝叶斯分类模型预测转录因子对lncRNA基因的调控。　　我们发现lncRNA基因的表达量以及表达比例普遍比编码蛋白基因的低，这说明在真核生物中细胞系还是主要表达编码蛋白基因，同时也说明lncRNA基因比编码蛋白基因具有更高的组织特异性和细胞特异性。我们还发现，lncRNA基因具有和编码蛋白基因相似的启动子区域，我们能够像分析编码蛋白基因的启动子一样来分析lncRNA基因的启动子区域。最终，我们发现我们构建的贝叶斯分类模型具有很好的预测能力，能够较好的预测转录因子对lncRNA基因的调控作用。本文的研究有助于人们对lncRNA的调控机制和生物学功能有更深入和透彻的理解，有助于构建更详细的基因调控网络。