近几年来,随着经济一体化步伐的加快,两岸的经贸往来越来越频繁,而两岸无论是在货物贸易上还是服务贸易上,往往都会涉及商标、专利与著作权等方面的问题,因此《海峡两岸经济合作框架协议》(以下简称“ECFA")和《海峡两岸知识产权保护合作协议》正式签署以后,伴随着两岸经贸往来更加密切化和常态化,可以预见的是两岸的知识产权纠纷也会紧跟着大量增长。但是ECFA第十条和《海峡两岸知识产权保护合作协议》第七条都只是框架性地分别规定了要建立“两岸经济合作委员会”和两岸知识产权纠纷的“协处机制”,并没有提出具体有效的设置方案。基于此,笔者希望通过本文的研究,对于在后ECFA时代如何建立两岸知识产权纠纷解决机制提出相关建议,从而对从事两岸相互间贸易与投资活动的企业和人员都有所助益。本文的第一章为“概述”部分,主要从名称、性质、特点和意义等方面分别对ECFA(?)口《海峡两岸知识产权保护合作协议》作了具体而细致的介绍,认为ECFA既不等同于大陆同香港、澳门签署的CEPA,也不属于FTA,而应该是两岸在WTO框架下,为了促进相互之间的贸易、经济和投资往来而签署的部分内容受WTO调整的经贸合作协定；接着,具体阐述了《海峡两岸知识产权保护合作协议》的创新点与突破点；最后,在前面两节内容的基础上,结合实际数据来说明自双方签订两协议以后,两岸在知识产权的各个领域合作进展顺利。第二章至第三章为文章的第二部分,首先,具体分析了知识产权纠纷的类型,从而得出和解、仲裁、行政机关处理、诉讼等知识产权纠纷的处理方式；接着,重点阐述了近二十年来两岸知识产权法律制度和具体知识产权纠纷的发展与变革；最后,比较分析了WTO、中国——东盟自由贸易区、北美自由贸易区和CEPA等主要区域经济组织的争端解决机制的安排与特点,为在后ECFA时代构建两岸知识产权纠纷解决机制提供参考。本文的重点在第四章,在前文的基础上讨论了ECFA背景下两岸知识产权纠纷解决机制的具体构建方式。本章分为三节,第一节主要从法律依据和现有机构两方面来论述两岸知识产权纠纷解决机制的现状。接着,基于现有机制的不足,第二节和第三节在借鉴前文所述的区域经济组织成功经验的基础上,从预防机制和具体设置安排两方面入手提出了在后ECFA时代构建两岸知识产权纠纷解决机制的建议。笔者认为,后ECFA时代,两岸知识产权纠纷解决机制在预防机制的基础上,还要建立包括实体法、程序法以及保障机制等方面的具体机制。后ECFA时代,两岸的经贸合作与交流必将进一步地深入与扩大。因此,我们应当在ECFA框架下,努力完善两岸的知识产权纠纷解决机制,在知识产权的各个领域,不仅为大陆地区企业到台湾地区投资创造良好而有利的环境,还要为台湾地区同胞赴大陆地区的投资保驾护航,从而最终实现两岸双方互利共赢、互惠共荣的新局面。