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目的:
探讨5个新出现的奴卡氏菌种16S-23S rDNA间区(ITS)DNA基因序列的多态性;筛查特异的奴卡氏菌种RLB探针;建立可以大量筛查奴卡氏菌种的PCR/RLB方法,以进行快速临床诊断及流行病学研究。
方法:
采用6例奴卡氏菌临床标本,即Nocardia beijingensis2例,Nocardiablacklockiae1例,Nocardia thailandica1例,Nocardia elegans1例及Nocaridavinacea1例及其他135例奴卡氏菌标本。对这6个标本首先进行ITS基因扩增、ITS区基因克隆、基因测序以设计奴卡氏菌种特异探针及种内ITS间区rDNA基因特异的探针,进行PCR为基础的RLB(PCR/RLB)杂交试验,不同的RLB型再进一步行ITS基因测序分析,以鉴别奴卡氏菌种及种内进一步分型。其他135例奴卡氏菌标本ITS基因扩增后直接做PCR/RLB试验,以筛查特异的奴卡氏菌种RLB探针。
结果:
结果发现2个N.beijingensis菌株ITS间区有8个基因序列型,4个RLB型,N.thailandfica有4个基因序列型,并存在4个对应的RLB型,N.blacklockiae有5个基因序列型,有3个RLB型,其中N-bla RLBⅢ型与所有N-blaITS探针杂交没有信号。N.elegans有5个基因序列型,3个RLB型,N.vinacea有5个基因序列型,2个RLB型。通过试验在种内识别了大量不同的ITS操纵子。对其他135例奴卡氏菌临床标本进行直接测序产生的是该基因序列所有型的组合。
结论:
在这5株新出现的奴卡氏菌中我们首次观察到ITS基因序列的多样性。通过把奴卡氏菌种及种内基因特异的探针结合在一张RLB膜上检测,对每一个奴卡氏菌种及每一个基因序列型都可以识别其独特的RLB型。这6个分离物的大多数克隆(102/108或94.4%)通过RLB试验可以准确认识,可以作为奴卡氏菌种进一步分型的潜在工具。这5株奴卡氏菌中以N.beijingensis-ITS,N.blacklockiae-ITS及N.elegans-ITS的探针具有高度特异性。RLB试验可以同时采用多个探针分析多个标本,在这5株奴卡氏菌菌种中证实RLB试验可以达到和ITS测序一样的敏感性。总之,我们首次通过克隆试验,准确的ITS基因测序认识了新出现的菌种,即N.beijingensis,N.blacklockiae,N.elegans,N.thailandica和N.vinacea。同时建立了可以大量筛查奴卡氏菌种的PCR/RLB方法,以进行快速临床诊断及流行病学研究。