大足黑山羊是重庆市大足县境内一个具有优良遗传特性的山羊群体。该群体毛色纯黑，体型较大，生长发育快，产肉性能好，产仔率高，每只母羊每年繁殖率在350％～400％。目前正在对该山羊群体进行品种选育工作，已在当地建立了保种选育场，组建了核心群，但购入的这些羊只个体间的谱系不清，不利于选育工作的进行。本实验就是用微卫星DNA技术对核心群中的个体进行亲缘关系分析，为建立合理的选配制度提供参考，防止近亲繁殖引起的品种退化，加快品种选育进程。 本实验用于研究的对象是黑山羊个体的基因组DNA。通过颈静脉采血共获得133个个体的血液样本，其中104只为购入的子代、11只为公羊、18只为被检子代的母亲，母亲样本已知的子代有24只，母亲样本未知的有80只。用苯酚—氯仿法提取基因组DNA，经检测，所提DNA达到本实验所需要的质量要求。 实验选用的微卫星位点通过Internet查询数据库等方式获得，并根据微卫星选择标准进行筛选，合成引物后，设置温度梯度，调整镁离子浓度等优化PCR扩增条件，最后选择确定了24个微卫星位点进行研究分析。本实验PCR扩增产物用非变性聚丙烯酰胺凝胶检测并用硝酸银染色显迹，通过扫描获得显色后的凝胶电泳图像，用凝胶分析软件Bandscan根据与分子量标准pBR322 DNA／Msp I Markers比照，读取片断大小，建立包括每个个体每个位点等位基因信息的基因型数据库。 使用专用的亲子鉴定软件Cervus2.0，根据得到的基因型数据库及已知的亲缘关系记录进行相关统计量的计算和亲权分析。本实验中共24个微卫星位点，其位点的平均等位基因数是9.87个(4—14)，等位基因最多的是BP28和BMS1248两个位点，都为14个。等位基因最少的是位点ILSTS028，有4个，也达到了用微卫星进行亲权鉴定所要求的个数。平均期望杂合度为0.837，而平均观察杂合度为0.928，与实际观察值有一定差距，其原因可能是该采样群体受到一定外来因素或近交的影响。平均杂合度较高也表明了该黑山羊群体遗传变异大，对环境的适应能力强。平均多态信息含量为0.812，其中PIC值最低的是位点MAF070为0.667，PIC值最高的是BMS1248为0.893，表明本实验所选择的24个微卫星位点具有丰富的多态性，可提供较多的多态信息含量。