本文采用SSR与SRAP分子标记,以鹅掌楸种间杂交（BM×S）F₁代群体为材料,构建了一张鹅掌楸分子标记连锁遗传图谱。在此基础上,开展正反交（BM×S、S×BM）F₁代群体遗传图谱比较。主要结论如下:将SRAP标记应用于鹅掌楸图谱构建,优化了鹅掌楸SRAP反应体系:25ul总反应体系中,模板含量50ng,正负引物浓度各为0.4uM,Mg²⁺浓度2.0mM,dNTPs浓度0.2mM,rTaq酶浓度0.04unit×uL^-1。实验证明,优化后的反应体系扩增效果稳定,条带丰富。对185株杂交（BM×S）F₁代群体进行多态性位点检测,利用Joinmap4.0软件构建遗传图谱,得到一张总图距为1410.7cM,包含20个连锁群、84个标记位点（29个SSR标记、55个SRAP标记）的遗传连锁图谱。连锁群平均长度为70.5cM,标记间平均间距为16.8cM。估算鹅掌楸基因组大小为2201.57cM,基因组覆盖度64%。首次开展正反交群体遗传图谱比较。将反交BM×S群体的遗传图谱与正交S×BM群体的遗传图谱进行比较,反交BM×S遗传图谱中有10个连锁群能在正交S×BM 17个连锁群找到27个同源性标记,其中有5个同源连锁群,8个推定同源连锁群。研究结果为开展鹅掌楸QTL作图及基因组印迹研究奠定了初步的基础。