随着我国大学体制的不断发展,高校办学自主权不断扩大,大学管理重心下移,二级院系治理问题成为完善大学治理体系的关键所在。优化研究型大学院系内部治理结构,有利于推进大学治理现代化,是落实高校办学自主权,推动“双一流”高校建设,培养创新型人才的需要。通过对一流大学建设高校的章程进行文本分析,以及对W大学S学院、S系的案例研究可知,我国研究型大学院系内部治理主体及其权力属性表现为:党委(党总支)所代表的政治权力,院长(系主任)等行政领导班子所代表的行政权力,教授所代表的学术权力,以及教职工及学生所代表的民主权力。它们分别通过党政联席会议、学术(教授)委员会、教职工代表大会及学生(研究生)代表大会等四种不同类型的组织机构得以运作。我国研究型大学院系内部主要有两种决策方式,一种是党政共同决策制,另一种是党政学术共同决策制。我国研究型大学院系内部治理结构在大学内部治理结构中发挥基础性作用,体现出治理主体多元化、科层制行政管理体制与扁平化的专业组织机构相结合以及治理要素互相关联的特征。目前,我国研究型大学院系内部治理结构主要存在三个方面的问题。首先,在规章制度建设上,相关主体对规章制度建设认识不深入、相关规章制度内容薄弱,缺乏效力。其次,在治理主体的职责权限上,党委与行政权责交叉、行政权力与学术权力失衡、民主权力参与治理流于形式。最后,在权力运行上,权力运行组织机构的内部机制不完善、关系不明朗。基于此,优化我国研究型大学院系内部治理结构需要相应地从制度建设、权力配置及运行系统这三个方面展开。第一,明确大学章程的法律地位并完善院系相关规章制度体系,为院系内部治理结构优化提供制度保障。第二,构建政治权力、行政权力、学术权力及民主权力“四位一体”的院系内部治理权力结构,在坚持党委(党总支)在院系内部治理结构中的政治核心地位的基础上,保证院长(系主任)的行政主体地位,同时发挥教授治学在院系内部治理结构中的主导作用,探索民主监督、共同治理的新方式。第三,打造高效协调的运行系统,贯彻“党政共同负责制”,健全党政、学术、民主组织机构及其内部机制,形成决策、执行、监督、反馈的运行回路。