笛鲷属(Lutjanus)鱼类隶属鲈形目(Perciformes)笛鲷科(Lutjianidae)，是广泛分布于热带和亚热带的岩礁鱼类，多为重要的经济鱼类。鉴于目前笛鲷属分类不清晰，人工繁育工作盲目开展等问题，为了笛鲷的物种多样性保护等政策的科学性和优质养殖种群的长久保持，本文应用分子生物学技术手段，对中国笛鲷属12个习见种：勒氏笛鲷(Lutjanus russellii)，红鳍笛鲷(L．erythropterus)，紫红笛鲷(L．argentimaculatus)，星点笛鲷(L．stellatus)，约氏笛鲷(L．johnii)，千年笛鲷(L．sebae)，金带笛鲷(L．fulvus)，金焰笛鲷(L．fulviflamma)画眉笛鲷(L．vitta)、奥氏笛鲷(L．ophuysenii)、马拉巴笛鲷(L．malabaricus)与双斑笛鲷(L．bohar)进行了系统发生关系的研究，并对除马拉巴笛鲷与双斑笛鲷外的10个种进行了分子遗传多样性的分析。主要结果如下：1．通过长距PCR法测得勒氏笛鲷全长16505bp的mtDNA基因组全序列。勒氏笛鲷线粒体基因组的大部分区段与GenBank中现有的序列有较高的同源性，且与形态学分类的阶元关系吻合。结构组成与其他脊椎动物的结果较为一致，由13个蛋白编码基因，22个tRNA基因，2个rRNA基因与非编码区组成。本文得到的南海海域勒氏笛鲷的线粒体全序列是笛鲷属在GenBank中的第一条全序列数据。2．测定并分析了笛鲷属12个种的mtDNA cytb与COⅡ基因全序列，长度分别是1141bp和690bp。cytb基因与COⅡ基因序列数据，与Allen的形态学分类系统较为吻合。体高和体侧带型与分子进化树分支体现出了明显的相关性，支持按体型分成主要的两大支，即紫红笛鲷、红鳍笛鲷、马拉巴笛鲷和千年笛鲷等聚在一大支，而余下的聚为另一大支。在形态特征上，这四个种的成体有着相对较高的体型和相近的红色体色，而且它们的成体都属于大体型的经济种。支持马拉巴笛鲷和红鳍笛鲷均存在于中国南海，属于外部形态非常相似的两个种，推测中国鱼类检索书中所说的红笛鲷为红鳍笛鲷或马拉巴笛鲷的同种异名，为误认。画眉笛鲷和奥氏笛鲷的同源性是所有种中最高的，它们的遗传距离表明其分化水平非常低。根据cytb与COⅡ基因序列分别构建的系统发生树并不一致，这应该是由于两个基因进化速率不一致造成。cytb和COⅡ基因序列组合数据的结果和cytb的结果是吻合的，进一步证明了cytb是mtDNA中最适合系统发生关系的基因之一。3．利用PCR快速筛选法从勒氏笛鲷基因组文库中筛选得到37个适合遗传多样性分析的微卫星位点。利用筛得的引物对勒氏笛鲷遗传多样性进行分析，符合Hardy-Weinberg的有24个位点，其期望杂合度平均值为0.754，观测杂合度平均值为0.754，Hardy-Weinberg偏离指数(D)为0。利用以上适用引物进一步对9种习见笛鲷的微卫星位点进行筛选和分析，9个种都能检测到的有10个，部分种能检测到的有13个。9种笛鲷Hardy-Weinberg平衡下的平均期望杂合度在0.730～1.000，平均观测杂合度在0.716～0.915，偏离指数(D)为-0.002～-0.214。微卫星位点杂合度的分析表明目前笛鲷属鱼类存在较高的遗传多样性水平，其种质资源处在一个比较安全的状态。另发现除了勒氏笛鲷，其他9个种的笛鲷都出现了杂合子缺失的情况，杂合子的普遍缺失表明笛鲷属鱼类存在着较为明显的基因流。