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遗传格局就是遗传多样性的空间分布,是物种遗传变异在种群间和种群内的时空分布状态,与物种种群的进化方式、进化历程相关,是生物对环境适应发展的表现,也决定了生物对环境的适应潜力。本文以地果（Ficus tikoua）为研究对象,使用母系遗传的叶绿体DNA序列（cpDNA）和微卫星分子标记（nSSR）分析我国西南地区58个地果自然种群的遗传结构,并用生物气候因子对地果在末次间冰期（last interglacial,LIG）、末次盛冰期（last glacial maximum,LGM）的潜在分区进行物种分布模型模拟,结合已有的地果形态的分化,分析其遗传格局的成因。主要结果为:（1）57个种群随机选用281个个体,每个个体测三段叶绿体基因（rps12-rpL20,trnS-trnG,psbM-trnD）,最终得到的联合片段包含了19个单倍型,具有较低的核苷酸遗传多样性(π=0.55×10-3)。地果种群的遗传分化系数GST为0.751,NST为0.863,且NST显著大于GST（P<0.05）,表明地果种群存在显著的亲缘地理格局。AMOVA分析表明,联合片段的遗传分化主要发生在种群间(ΦST=0.847,84.67%)。（2）nSSR数据显示地果种群的遗传多样性较高（HE=0.618）,聚类分析将58个地果自然种群（1378个个体）划分为四川盆地（SC）和云贵高原（YG）两大类群。种群间存在明显的遗传分化(FST=0.178,P<0.001),且遗传距离随着种群间的距离增加而增大。AMOVA分析显示地果种群的遗传变异主要来自种群内（81.42%）,且SC和YG两大类群也达到显著的遗传分化水平（P<0.001）。（3）地果种群的遗传格局和其雄花分布类型分布结构相似,在我国西南地区呈现南北分布格局,分别位于云贵高原和四川盆地两个区域。由FST间接估算的基因流Nm为1.154,且各区域内都存在显著的距离隔离效应（P<0.001）,故推测基因流受限是导致种群分化的主要原因。此外,生物气候因子物种分布模拟显示,在间冰期时,地果间断分布在四川盆地南部地区和云贵高原东部地区,LIG时期地果分布区的隔离及气候因素导致地果种群分化的另一个原因。