海关特殊监管区域一直是我国对外开放的重要平台,在不到万分之一的国土面积上,产出了六分之一的外贸总量,直接带动就业岗位200多万个,真正实现了“小区域、大产出”;在我国提升开放水平、吸引国外投资、促进外贸增长、承接国际产业转移、探索改革创新等方面发挥了重要作用,做出了突出贡献。但根据发展的过程和现状可以看出,我国在建设海关特殊监管区域过程中,吸取了较多的符合中国特色的经验,能够实现海关特殊监管区域同我国国情的有机结合。同时,它们也存在着整合优化效应不显著、政策优势不突出、发展不平衡等诸多问题。从2013年开始,我国在各个省份陆续成立了自由贸易试验区。自贸区的建立是一种政府管理的创新,包括职能创新和体制创新,增强了我国产品在全球市场的竞争力。另一方面,随着自由贸易试验区的成功,全国各地纷纷建立了海关特殊监管区域,为自由贸易试验区的发展带来了国内竞争压力,促使自由贸易试验区的转型升级,以便具有更强的适应全球经济变化的能力。而对于海关特殊监管区域,吸取自贸试验区发展过程的经验,避免走过的弯路,是海关特殊监管区设立和发展的宝贵财富,作为战略问题应该得到重视和思考。本文的研究采取了自贸区背景下海关特殊监管区域发展为研究对象,深入研究了我国海关特殊监管区域转型发展问题,综合使用案例研究、文献研究和归纳论述等研究方法。研究发现:当前我国海关特殊监管区域发展困境包括功能政策存在短板、区域发展失衡严重和同质化竞争明显等问题。导致这些问题的原因包括海关特殊监管区域顶层设计存在先天缺陷、区域后期发展探索不足等。接下来,本文以南昌综合保税区为例,对该海关特殊监管区域发展中面临的具体问题进行了分析,包括招商引资、企业发展和园区建设等三个方面。基于对自贸区背景下海关特殊监管区域存在的问题的研究以及自贸区对海关特殊监管区域行政管理的反作用影响,作者提出了对于海关特殊监管区域行政管理的转型思路,依靠科学的技术手段,发掘优质投资商,主动对接,提供具有特色的服务,协调区域整体发展,为实现区域发展二有计划地分步实施,实现海关特殊监管区域的稳定发展。具体到改革优化策略,主要从招商引资、产业结构优化和园区建设三个方面提出。