随着国际经济合作不断深入,各国间竞争日益激烈,而科技创新又是国家核心竞争能力的综合体现。而现阶段,我国经济逐渐步入“新常态”,自主创新已经成为国富民强、经济持续高速发展的重要途径和源泉。而企业作为市场经营的主体,是创新活动的主要承担者,只有将创新置于首要位置,才能提升自身核心竞争力,进而促进经济可持续发展。2018年4月,随着中兴被美国重启禁购令的消息传到国内,举国震动、敲响自主研发的警钟,因此如何提高我国自身创新能力便成了热点问题。自2000年证监会提出“超常规发展机构投资者”以来,经过多年的发展,机构投资者无论规模还是种类都得到了极大的发展,俨然成为了中国资本市场上重要影响力的持股主体,其行为会对上市公司治理、创新等都会产生极其重要的影响。而2008年金融危机爆发以来,全球经济至今尚未完全走出经济危机阴影,为了避免经济衰退,我国出台了一系列的经济刺激计划,以及配套的财政和货币政策,从短期来看这些政策有利于缓解目前所面临的问题,但是另一方面也提高了我国经济政策不确定性,经济政策不确定性的提高将进一步影响到微观企业与机构投资者的决策行为。因此本文在此背景下研究机构投资者与企业创新的关系,并探讨经济政策不确定性对两者关系的调节作用。本文首先回顾国内外机构投资者、经济政策不确定性与企业创新的相关文献,其次阐述了机构投资者如何影响企业创新,以及在经济政策不确定性下对于两者关系调节作用的内在逻辑和理论依据,并在基础上提出六大假设;最后构建三大模型,并用全部A股2008-2018年数据检验假设是否正确。实证分析主要分三个部分;第一部分是将机构投资者持股及异质性与企业创新纳入同一模型,进而研究机构投资者持股及异质性对企业创新的作用;第二部分是将经济政策不确定性与机构投资者及异质性做交互项纳入模型中,已检验外部的经济政策不确定性是否对机构投资者持股及异质性与企业创新关系产生影响;第三部分则进一步分析在企业性质和成长性不同的情况下,检验经济政策不确定性的调节效果。实证结果表明:（1）整体机构投资者持股能够显著提高企业的创新投入;（2）独立机构投资者持股与企业创新正相关,而灰色机构投资者持股与企业创新负相关,抑制企业研发投入;（3）面临经济政策不确定性时,机构投资者持股反而对企业创新抑制作用;（4）随着经济政策不确定性越高,独立机构投资者对企业创新的积极作用越强,而灰色机构投资者则抑制企业创新;（5）从企业性质角度上看,随着经济政策不确定性越高,在国有企业中整体机构投资者与灰色机构投资者对企业创新消极作用越明显,而在民营企业中独立机构对企业创新发挥着积极作用;（6）从企业成长性角度上看,随着经济政策不确定性程度越高,在高成长企业中独立机构投资者持股显著的提高了企业创新,而在低成长企业中整体机构投资者与灰色机构投资者持股对企业创新的消极作用更明显。