肝癌差异表达circRNA的筛选及调控机制研究

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目的环状RNA在肿瘤发生发展过程中起着关键作用。基于前期生物信息学的结果,旨在探讨肝细胞癌(HCC)中差异表达的环状RNA与患者的预后关系以及对HCC细胞的生物学行为影响,并阐明环状RNA在肝癌细胞生长过程中潜在的分子机制,从而确定环状RNA作为新型生物标志物及临床治疗靶点的有效性。方法1.通过分析TCGA、GEO数据库,筛选出HCC血浆和组织中差异表达最显著的环状RNA,并通过CSCD、Circ Bank和Circ Interactome数据库预测环状RNA-mi RNA关系对。2.通过mi RWALK数据库预测mi RNA-m RNA关系对,利用Cytoscape构建环状RNA-mi RNA-m RNA网络。3.在GSE76903数据集和GSE14520以及TCGA中分别验证相互作用的mi RNA和m RNA,并通过STRING数据库对差异基因构建蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)互作网络,MCODE算法计算差异显著的中枢基因(Hub genes),并对中枢基因进行生存分析和通路富集分析。4.根据候选环状RNA在不同肝癌细胞系中的本底表达水平选择合适的细胞系,分别构建过表达质粒和si RNA对环状RNA进行生物功能学验证。主要包括体外细胞功能实验CCK-8,Transwell以及划痕等实验方法检测候选环状RNA表达水平对肝癌细胞的增殖、侵袭以及迁移等表型的影响。结果1.通过生物信息学技术分析来自HCC患者的组织(GSE78520/GSE94508/GSE97332)和血浆样本(GSE135806)的环状RNA表达谱,通过Venn图取交集的方式,发现了三个显著上调的环状RNA(hsa_circ_0009910、hsa_circ_0049783和hsa_circ_0089172)。探究了它们与HCC的关系及相关机制。(1)hsa_circ_0009910和hsa_circ_0089172被证实为环状,对RNA核酸内切酶具有抗性,并且在48h时可以通过肝癌细胞分泌到上清。(2)进一步揭示了hsa_circ_0009910和hsa_circ_0089172可能调控的四个mi RNA(hsa-mi R-455-5p、hsa-mi R-615-3p、hsa-mi R-18a-3p、hsa-mi R-4524a-3p),以及靶向mi RNA的95个m RNA。(3)蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)揭示了19个中枢基因,其中12个(MCM6、CCNB1、CDC20、NDC80、ZWINT、ASPM、CENPU、MCM3、MCM5、ECT2、CDC7和DLGAP5)中枢基因的生存分析在两个HCC队列中与不良预后有关。(4)通过KEGG、Reactome和Wikipathway富集分析表明,中枢基因主要在DNA复制和细胞周期中起作用。2.通过将HCC相关组织芯片GSE78520/GSE94508/GSE97332和PMID:29378234取交集发现了三个显著上调的环状RNA(hsa_circ_0002003、hsa_circ_0002454和hsa_circ_0001394)和一个显著下调的环状RNA(hsa_circ_0003239)。(1)通过体外细胞功能学实验验证hsa_circ_0002003促进肝癌的发生和发展。(2)通过mi RWalk数据库将预测的hsa-mi R-1343-3p靶基因与TCGA-LIHC数据库和GSE14520数据集中的337个显著上调的基因相交,获得了17个候选基因用于进一步分析。17个候选靶基因中,6个靶基因(DAP3、DTYMK、STMN1、TUBA1C、E2F3、ASNS)的OS存在统计学差异。(3)在SNU-387和Hep3B细胞中,与hsa_circ_0002003表达水平相同的靶基因为DTYMK、DAP3和STMN1。并且靶基因的高表达与HCC预后不良有关。结论本研究发现了三个显著上调的环状RNA(hsa_circ_0009910、hsa_circ_0049783和hsa_circ_0089172)。验证了hsa_circ_0009910、hsa_circ_0089172的稳定性,并观察到hsa_circ_0009910、hsa_circ_0089172能够通过肝癌细胞在48h之后分泌到上清中。验证了hsa_circ_0002003在沉默之后会导致肝癌细胞增殖和迁移侵袭均减慢。且hsa-mi R-1343-3p调控的3个m RNA(DTYMK、DAP3、STMN1)在HCC细胞系中显著下调,其高表达与HCC患者的不良预后相关。
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