中央国医馆诞生于民国中西医废止之争这一水深火热的历史环境之中,它的出现也为这次论争暂时画上了句号。1931年3月17日中央国医馆成立,这之后海内外陆续成立了22家国医分馆、11家海外分馆与96家国医支馆。1931年"九·一八事变"和"八·一三事变"爆发后中央国医馆馆内职员多半离岗,馆务运作陷入停顿。1932年7月11日,中央国医馆恢复办公。1937年7月7日,卢沟桥事变爆发,国民政府于当年年末决定将首都迁往重庆,中央国医馆亦遵令迁址重庆。在中央国医馆存在的全过程中,出版过《国医公报》与《中华医药》这两大官方刊物,其中《国医公报》出版38期,《中华医药》出版4期。在作为方面,中央国医馆虽然只是一个官方承认的中医药学术研究机构,但却一直在履行着中医药发展和管理的义务,例如对国医分支馆和医药团体的管理、审定国医资格、学术管理、续办国药厂等等。同时,在对中医药行政管理权的争取方面,中央国医馆促成了《中医条例》的颁布以及卫生署中医委员会的成立,并且在抗战救灾方面贡献了一份力量。中央国医馆及各省市县国医分支馆的成立对于整个中医界来说是一件开天辟地的大事,它结束了整个中医界长期以来无人管理的不合法的混沌状态,它对中医所做的革新是对中医药几千年来的洗礼,是对中医的大整顿,这场革新为中医带来了新气象、新朝气。中央国医馆的成立不仅标志着中医现代化的开端,更是对于引领中医人及民众形成稳定的中医秩序观,带领中医走向规范化、标准化、现代化都起到了至关重要的作用。