利用比较系统地理学(Comparativephylogeography)手段,通过研究两个同域分布且占据相似生态位的近缘种遗传结构以及种群历史动态的异同,可探究古地质与古气候事件对物种影响的一般规律,从而发现影响物种地理系统格局形成的主要因素。本研究以白腹鼠属(Niviventer)的常见鼠类—(N.confucianus)与针毛鼠(N.fulvescens)为研究对象,野外采集并测定了 230个社鼠及147个针毛鼠标本的线粒体Cyt b基因序列,同时结合Genbank下载的96条序列,分析并探讨了两物种遗传多样性以及现有种群遗传变异地理分布格局的差异,从而研究两物种在面对相同的古地质与古气候事件是否有着相同的反应机制并解释造成这种现象的原因。结果显示:(1)社鼠的核苷酸多样性0.04485远高于针毛鼠0.01287,这与社鼠更广泛的分布范围、复杂的生境以及第四纪冰期更多适宜生存的冰期避难所有关;两物种西部种群遗传多样性均大于东部种群则与我国西部多样的生境及潜在生物冰期避难所数量更多有关。(2)构建的NJ、ML、BI系统发育树与Network网络进化图显示,社鼠与针毛鼠互为单系,均可分为东西两大群族,但局部支系略有不同。在结合地理屏障比较两物种的分布格局发现,山系对针毛鼠的隔离作用要强于社鼠,而社鼠较低的涉水能力使得河流对社鼠的隔离作用要大于针毛鼠。(3)社鼠与针毛鼠的分化时间大约在4.17Mya,在青藏运动影响下由我国西部向东部开始扩散,受云贵高原隆起、昆黄运动作用下形成了东西两大种群,而由于两物种温度耐受性的差异,对第四纪冰期的反应也有所不同:两物种的东部种群通过不同类型的生物避难所度过冰期后发生了不同程度的扩张,而在西部地区,山地避难所使得社鼠种群相对稳定,针毛鼠经历种群扩张。(4)受生境偏好以及扩散能力差异的影响,社鼠与针毛鼠由西向东的扩散路线有所差异:社鼠较强的耐寒性及跨越山脉的能力使得其由四川开始经湖南向东部扩散,另一支则扩散到我国北部,而针毛鼠更偏好暖湿环境则由云南经广西向东南沿海扩散。通过比较系统地理学我们发现,社鼠与针毛鼠在面对相同的古地质与古气候环境时,趋向形成相似的系统地理格局,种群历史动态也有所相同。但受扩散能力以及环境耐受性的差异的影响,最终形成不同的地理分布格局。