目前云南多数新型农业合作经济组织没有规范的组织形式和运营模式，法人地位不明确，经济绩效不明显，利益机制不明确，组织与会员之间的利益关系松散，稳定性差，带动农户和保护农民利益的功能不明显。云南新型农业合作组织能否发展壮大，关键是能否建立并逐步完善能体现其生命力和活力的运作机制，利益机制是其中非常重要的一部分，本项研究就是为了探寻云南新型农业合作经济组织发展的合理有效的利益机制。本文以新制度经济学和管理学为主要分析工具，首先理清农业合作组织成员的角色分配和产权关系，从而定义成员的角色、资格与利益机制；对国内外农业合作经济组织利益机制进行比较，继而研究云南农业合作组织的利益关联和利益分配的现状。通过对云南新型农业合作经济组织的调研分析及利益机制现状考察，找出云南新型农业合作经济组织利益机制存在的问题。根据对问题的分析，针对云南地区新型农业合作组织发展缓慢，组织化程度低，服务体系不健全、缺乏法律体系，各利益主体的行为难以规范、利益分配机制建设薄弱等情况，提出云南地区农业合作经济组织利益机制的要求和发展原则，给出了云南新型农业合作经济组织利益机制的制订方法和政策建议，最终提出了趋势展望。