近年来,随着计算机技术的不断发展和升级,能够通过聚合结构,使用多台计算机和存储设备进行计算,称之为高性能计算。高性能计算已经成为各个领域进行科学研究的必要条件,例如,在物理仿真、工程设计、数据分析、人工智能等研究领域。随着处理器多核和众核技术的发展,高性能计算机也拥有了更多的硬件计算资源。但是,单纯的硬件提升不能带来同比例的软件性能提升。因此,并行计算成为了高性能计算领域研究的重点之一。为了提高程序的计算效率,研究人员致力于实现程序的并行计算,从软件层面对高性能计算机的硬件进行匹配。并行计算研究对于推动科学技术的发展和进步具有重要的意义。“神威·蓝光Ⅱ”超级计算机是我国自主研发的高性能计算机,也是神威系列最新一代的超级计算机,其峰值性能可以达到3.13 PFLOPS。它不仅能够加速计算任务的执行速度,还能够提高计算资源的利用率,同时降低了能源消耗和成本。目前广泛应用于科学计算、人工智能、大数据分析等各种领域。随着核能技术的发展,反应堆物理计算对计算精度和速度的要求越来越高,使用高性能计算机进行反应堆模拟计算已经成为必然选择。特征线方法（MOC）由于可以处理任意的几何结构,是目前公认的、针对核能全堆芯中子输运计算模拟的首选方法。本文基于申威众核处理器和“神威·蓝光Ⅱ”超级计算机,提出了一种细粒度的、通用的两级并行优化策略,包括线程级并行优化和进程级并行优化。在线程级并行优化中,提出了作业流水线优化、从核负载均衡优化和I/O优化方法;在进程级并行优化中,提出了一种从软件到硬件的映射方法,该方法可以充分利用神威超级计算机的硬件,提高计算效率和数据传输效率。本文首次将Open MOC程序在神威系列超级计算机上进行了移植和并行优化,丰富了神威系列超级计算机的应用生态。与原程序相比,线程级并行优化可实现高达5.4倍的加速比,进程级并行优化可实现高达4.8倍的加速比。最后,两级并行化可以实现高达18.6倍的加速比。此外,我们实现了Open MOC程序在“神威·蓝光Ⅱ”超级计算机的3750个进程上运行,并且具有良好的强、弱可扩展性。