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近十多年来，磨刀门咸潮活动呈现出频度加密、持续时间增加、上溯影响范围扩大、强度趋于严重等新特点，对城乡居民生活以及工农业生产造成很大的影响。
通过对与磨刀门咸潮入侵强度相关的水文、气象要素的主成分分析表明，径潮动力是引起磨刀门咸潮入侵加强的最直接的因素（以2011年9月强咸潮为例），径流量的增加对咸潮具有显著的抑制作用，而潮汐动力的增强则推动了咸潮的入侵。
本文分别于2011年9月18日-20日（小潮）和2011年9月25日-27日（大潮）在磨刀门水道进行了两个航次的断面(22°02′16.62″N-22°29′30″N，113°15′15″E-113°26′27″E)和26h定点(22°10′24.53″N，113°25′16.45″E)连续观测，系统研究了该水域水柱各环境因子的潮周期变化和大小潮变化，探讨了咸水入侵对生态环境的影响。结果表明，大小潮断面的温度和盐度因咸水入侵强度的不同而呈现显著的差异，受到盐度变化、底层沉积物的再悬浮和环境要素自身的生物地球化学行为的影响，大小潮断面的重金属、营养盐、CDOM、叶绿素α变化均较为复杂，呈现不同程度的分层现象。定点连续观测的结果表明，由于水动力条件的差异，大小潮期间的温度、盐度、流速均有显著不同，分层强度的变异对化学、生物要素的迁移转化均具有显著的影响。咸水入侵的加强对浮游植物生长具有显著的抑制作用，并可轻微减轻浮游植物磷限制。
小潮盐分日上溯量与大潮相近，分别为小潮1.76×107kg，大潮1.82×107kg;磨刀门强烈的咸水入侵使得河口营养盐和重金属的通量明显不同于国内外其他河口，小潮期间NH4+、溶解态Zn、溶解态Pb具有明显的上溯通量，大潮期间发生的强烈的咸水入侵，营养元素和重金属均具有净上溯通量。磨刀门水质受到重金属的污染较小，但受到N、P的严重污染，属于潜在性磷限制富营养水域。磨刀门咸水入侵的加强不仅不利于污染物质的向海排出，而且有使污染加重的趋势，随着磨刀门及邻近水域社会经济的进一步发展，污染的进一步加剧，磨刀门咸水入侵引起的严重生态环境问题可能将逐渐显现出来。