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本论文的主要工作是人类COP I包被小泡包被体中的一个亚基ζ-COP的溶液结构研究,并在ζ-COP溶液结构基础上,进一步研究了COP I包被和clathrin-AP2包被在结构上的相似性;此外,本论文还简单介绍了本人在攻读博士学位期间的其他两个研究工作:枯草芽孢杆菌中的抗逆蛋白GSP13(general stress protein13)和人类肿瘤抑制因子TIG3(tazarotene-induced gene3)的溶液结构研究。
1.人类ζ-COP溶液结构显示COP I和clathrin-AP2包被存在相似结构
COP I包被小泡在真核细胞中介导从高尔基体到内质网之间及高尔基体内部的蛋白质和脂类的运输。COP I包被小泡的包被体由七个亚基构成:α-COP、ε-COP、β’-COP、β-COP、γ-COP、δ-COP和ζ-COP。包被体在体外高盐情况下可以解离成两个复合物B-subcomplex(由α-COP、ε-COP、β’-COP构成)和F-subcomplex(由β-COP、γ-COP、δ-COP和ζ-COP构成)。通过核磁共振技术我们解析了人类ζ-COP蛋白(全长177个氨基酸残基)的N端149个氨基酸残基(ζ-COP149)的溶液结构。这是第一个ζ-COP蛋白的三维结构,也是第一个被解析的COP I的F-subcomplex“核心”区域的三维结构。ζ-COP149的溶液结构主要由一段N端无规卷曲,5个反平行β折叠链,两个反平行的p折叠链和5个α螺旋组成。ζ-COP149的溶液结构和clathrin包被小泡包被中的亚基AP1-σ1,AP2-σ2的晶体结构非常相似,说明在COP I和网格蛋白的包被中存在着相似的业基结构。我们进一步模拟γ-COP蛋白N端参与COP I的F-subcomplex核心区域组成部分的三维结构,并根据二级结构比对的结果将γ-COP与ζ-COP149的结构,叠加到到AP2核心区域晶体结构中的AP2-σ2和AP2-α亚基上,从而得到了ζ-COP149和γ-COP相互作用的结构模型。结构比对和哺乳动物细胞双杂交点突变实验证明ζ-COP149/γ-COP二聚体同AP2-σ2/AP2-α二聚体,甚至COP I的F-subcomplex和AP2之间,有着类似的亚基相互作用和组合方式。
2.其他研究工作
枯草芽孢杆菌GSP13的溶液结构研究。枯草芽孢杆菌中的GSP13,是由基因yugI编码的广谱抗逆蛋白。它的诱导表达受到转录因子σB的调控。GSP13能被高温、低温、高盐、酒精、过氧环境以及葡萄糖、铵缺乏诱导表达。在这里我们解析了GSP13的溶液结构。这是第一个在枯草芽孢杆菌中解析的含有S1 domain的蛋白的结构。GSP13的溶液结构包括一个N端的S1 domain和C端一个由50个氨基酸组成的没有结构的无规卷曲,同其他所有已知的含有S1 domain蛋白的结构都不同。通过和已经解析的S1 domain的结构比较,我们确定了GSP13 S1 domain的RNA结合位点,并推测GSP13在面临低温环境时可能具有同冷休克蛋白类似的功能。
人类TIG3溶液结构研究。TIG3,也被称为RIG1或者RARRES3,是一个含有164个氨基酸残基的生长调控因子。TIG3属于HREV107超家族,这个家族的成员还包括HREV107和HRASLS。TIG3是一个II型肿瘤抑制因子,能够抑制肿瘤细胞的繁殖并能诱导细胞凋亡。我们第一次解析了TIG3 N端125个氨基酸的溶液结构(TIG3-125)。TIG3-125的溶液结构主包括5个反平行β折叠链,2个0c螺旋,1个310螺旋以及一个富含丝氨酸的很长的无规卷曲。DALI分析显示TIG3-125的结构是一个全新的折叠类型。初步的核磁共振滴定实验显示TIG3-125在体外同H-Ras没有直接的相互作用。