十二指肠贾第虫（Giardia duodenalis）、毕氏肠微孢子虫（Enterocytozoon bieneusi）芽囊原虫（Blastocystis sp.）和隐孢子虫（Cryptosporidum spp.）是4种常见的人兽共患肠道原虫,寄生于人类和多种动物包括家畜的胃肠道,导致宿主发生腹泻、腹痛、呕吐等一系列临床症状,严重者可致死亡;严重影响畜牧业的发展,并危害人类健康,因此研究和探明这些肠道原虫病在牲畜间的流行情况十分必要。目前,尚无关于云岭牛感染这四种肠道原虫的研究报道。因此,本研究旨在对云南省云岭牛的四种肠道原虫感染情况和基因分型进行调查和研究。从云南省昆明市和楚雄市随机采集云岭牛粪便样品391份,应用分子生物学方法,基于十二指肠贾第虫bg和gdh基因位点、毕氏肠微孢子虫核糖体RNA内转录间隔区（ITS）序列、芽囊原虫和隐孢子虫的SSU r RNA基因序列,进行了巢式PCR扩增,以确定这几种肠道原虫的感染情况及其基因型。结果表明,十二指肠贾第虫的总感染率为10.49%（41/391）、毕氏肠微孢子虫的总感染率为4.35%（17/391）、芽囊原虫的总感染率为27.62%（108/391）、隐孢子虫的总感染率为0.77%（3/391）。其中芽囊原虫的感染率明显高于其余三种肠道原虫,说明芽囊原虫是云南省云岭牛感染的优势虫种。通过序列分析发现两种十二指肠贾第虫集聚体（A和E）,其中集聚体E为优势集聚体,集聚体E在bg位点和gdh位点各发现两种新亚型。对毕氏肠微孢子虫进行基因型鉴定共发现两种已知基因型（BEB8和J）,其中基因型J为优势基因型。对芽囊原虫共鉴定出四种基因亚型,分别为ST1、ST5、ST10、ST14,其中ST10为优势基因亚型。对隐孢子虫阳性样品进行序列分析鉴定出1份为C.andersoni,2份为C.ryanae。统计学分析显示,云岭牛十二指肠贾第虫和毕氏肠微孢子虫的感染率在不同年龄段差异显著（P<0.01）,芽囊原虫的感染率与年龄（P<0.01）和性别（P<0.05）显著相关。本研究是首次对云岭牛十二指肠贾第虫、毕氏肠微孢子虫、芽囊原虫和隐孢子虫的感染率及基因型/亚型的研究报道,研究结果不仅为预防和控制云岭牛的这四种肠道原虫病提供了科学依据,也为防控四种肠道原虫在人和动物间的传播提供了基础数据。