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线粒体在体内的稳态对于组织器官行使正常的功能非常重要，线粒体功能异常会引起多种疾病，其中就包括心肌肥厚，严重时甚至会导致心脏衰竭。在成年小鼠心脏中特异性的敲除KLF9时会导致心脏功能异常，并且加速了病理性压力诱导的心衰过程。在心脏功能受损的同时，KLF9敲除的心脏线粒体的结构、形态和在心肌中的排列均会发生异常。除了影响线粒体的结构和功能外，还发现KLF9参与了心肌线粒体新生的过程。KLF9能够直接结合到PGC-1α的启动子区，通过调控PGC-1α来参与调控代谢和线粒体功能相关基因的表达。此外，还发现KLF9对于线粒体自噬的调控作用。KLF9敲除小鼠心脏中线粒体自噬被抑制，引起心脏发生向心性肥厚;而KLF9过表达时心肌线粒体形态变大，心腔扩张，心肌纤维化，从而导致心脏功能衰竭。在MEFs细胞和小鼠中研究发现KLF9敲除后会导致功能异常线粒体的累积，mtUPR增加，但线粒体自噬被抑制。与KLF9敲除相对应，在KLF9过表达时能够增强线粒体的自噬，并且使细胞内发生大范围的线粒体清除。这一过程与线粒体渗透性通道(MPTP)的开启相关，并且发现大范围的线粒体自噬与心肌细胞坏死以及扩张性的心衰相互联系。在研究中发现KLF9、MPTP、和线粒体自噬在功能上是相互联系的。总而言之，发现KLF9敲除和过表达对于维持心肌线粒体的稳态发挥不同的作用，其作为一个转录因子参与了心脏线粒体的平衡调控。