自1999年我国正式启动应用型科研院所转制为科技型企业以来,我国科技企业体制改革进入了一个新的发展阶段。改制后的科技型企业拥有了充分的经营自主权,迎来了更多的发展机遇,同时也面临着开放市场的激烈竞争和挑战。在这种经济形势下,以往单纯依赖财务报告进行的内部控制已经难以符合企业经营管理的需要。航天五院513所作为国防武器装备研制的生力军,也是改制企业中的一员,同样面临着如何加强内部管理、发挥自身科研优势、打造核心竞争力的严峻挑战。因此,必须建立起符合现代企业管理制度和适合该所的内部控制体系,并且对其进行有效地评价,以促进513所的健康长效发展。首先提出了本文的研究背景,简要地论述了国内外研究现状并加以评述,找出其中的不足和以后应该研究的重点。对513所内部控制有效性评价相关概念进行界定,并介绍了相关的基础理论。其次,在对513所基本情况和内部控制制度运行背景详细介绍的基础上,从控制环境、风险评估与处理、控制活动、信息与沟通、监督这5个方面建立了513所内部控制有效性评价指标体系,该指标体系由5个一级指标,11个二级指标和41个三级指标组成,全面系统的描述了513所内部控制制度的运行过程。然后,运用模糊综合评价方法,按照确定评价对象集和评价因素集、层次分析法确定各评价指标的权重系数、确定各指标的评语集和模糊综合评价计算这4个步骤对2003-2008年513所内部控制有效性进行了评价。评价结果表明,2003年的内部控制有效性处于警戒水平,2004、2005和2006年内部控制有效性处于较好水平,2007和2008年则处于优秀水平。这说明513所这几年的内部控制有效性处于上升状态,这基本上符合513所内部控制实际情况。最后,本文针对513所内部控制中存在的不足点,从内部控制构成要素角度提出了相应的政策改进措施。本文研究结果对于提升513所内部控制有效性能起到较大的促进作用,并对其它航天科研院所有一定的指导作用。